测量时放的位置不同。载玻片是用来放被测标本的，而盖玻片是盖在被测标本之上的，载玻片在下边，是你要观察的物质的盛放载体，就是你要把东西放你它上面，盖玻片比载玻片要小，载玻片主要用来盛放观察物，盖玻片是盖在载玻片上的，用做固定用的。
载玻片呈长方形，大小为76mm*26mm，较厚。盖玻片呈正方形，大小为10mm*10mm或20mm*20mm，较薄。
载玻片的用法：主要用于承载需要在显微镜下观察的细胞或者组织切片，是光学中用于产生相位差的一种类似玻璃材料的薄片。盖玻片：盖玻片通常放置在已经放有观察样本材料的载玻片之上，主要是为了便于观察。
载玻片是在实验中用来放置实验材料的玻璃片，呈长方形，大小为76*26mm，有良好的透光性。不同的实验可以选择不同的用法，如常见的涂片法、压片法、装片法等。而盖玻片是属于一种透明材料的玻璃片，质地十分轻薄，通常为长方形和矩形，厚度为几分之一毫米。盖玻片的主要功能就是保持固体样品的压平，液体样品能够形成有均匀厚度的平坦层，从而便于在高分辨率的显微镜下观察清楚。
使用过的载玻片和盖玻片通常使用清水或者酒精清擦洗干净即可，如果有较高的器皿卫生要求，还可以使用超声波洗涤机进行清洗。
