1）这里的“质量”的概念不同于通常意义上的质量。离散结构的振型总数是有限的，振型总个数等于独立质量的总个数。可以通过判断结构的独立质量数来了解结构的固有振型总数。具体地说：
每块刚性楼板有三个独立质量Mx,My,Jz；
每个弹性节点有两个独立质量mx,my；
根据这两条，可以算出结构的独立质量总数，也就知道了结构的固有振型总数。
2）若记结构固有振型总数是NM，那么参与振型数最多只能选NM个，选参与振型数大于NM是错误的，因为结构没那么多。
3）参与振型数与有效质量系数的关系：
3-1)参与振型数越多，有效质量系数越大；
3-2)参与振型数 =0 时，有效质量系数 =0
3-3)参与振型数 =NM 时，有效质量系数 =1.0
4） 参与振型数 NP 如何确定？
4-1）参与振型数 NP 在 1-NM 之间选取。
4-2）NP应该足够大，使得有效质量系数大于0.9。
有些结构，需要较多振型才能准确计算地震作用，这时尤其要注意有效质量系数是否超过了0.9。比如平面复杂，楼面的刚度不是无穷大，振型整体性差，局部振动明显的结构，这种情况往往需要很多振型才能使有效质量系数满足要求。
有效质量不足，一般是因为产生了局部振动。你可以看看“结构空间振动简图”，每个振型都看一下（不要局限于前三个振型），找出局部振动的部位。我估计应该就是和你加的夹层梁有关。看看是否有输入错误的构件吧（比如铰接点错啊，节点没搭到啊，梁标高不对啊）
另外，你这种算法是错误的。
在一层地面位置只做了梁而没有板，而楼板的平面内刚度非常大（一般认为无穷大，即刚性板），所以这个标高并不能真正形成一个楼层，更不能作为嵌固端。
根据工程经验和一些专家的理论，解决的办法是把一层地面做成刚性地坪，也就是双层双向配筋的钢筋混凝土地坪，并且和周围的地梁锚固（地梁也需要有一定刚度）。即使这样做，也不建议考虑锚固，而是将之作为一层进行计算。当然，可以根据地质情况考虑土的约束比（m值）。
这样应该能解决你的问题。
有效质量系数小于90调整方法如下：1、对于3层的房子，最多能加的振型数量只有9个，若超过9个还不能满足要求，就要考虑结构布置是不是合理。
2、算法一是指按侧刚模型进行结构震动分析，算法二是指按总刚模型进行结构的震动分析，当考虑楼板的弹性变形（某层局部或整体有弹性楼板单元）、或有较多的错层构件时，建议采用算法二，也就是说，看结构的布置了。
3、若错层较多，建议采用总刚分析法。振型数主要看结构形式：振型数与楼的各层自由度有关，对于刚性楼板的层，只有3个自由度，而对于弹性楼层就要根据弹性质点的数量来定，一个弹性质点2个自由度，振型数=总自由度时，有效质量系数一定≥90％，振型数与楼的结构布置有关，通过试算来决定选择振型数。
4、在有些结构中，如跃层较多或者空旷的结构，振型数会大于3倍层数，故具体工程要通过不断调整振型数，直至满足要求。
