在秘密部中，事部以持诵真言、结坛、供养等事相为主；行部因为事相、观想并重；瑜伽部以五相成身观法为主；无上瑜伽部以修中脉、风息、明点为特点。其中父部重修风息，名曰命瑜伽；母部重修明点，名曰勤瑜伽；无二部重修双运。三者只就偏重而言，并非截然有别。无上部的理论认为中脉（近似道教的督脉）中有21 个结，利用修风息、明点之力可以打开这些结。每打开二结好上升一地，逐渐引发无量神通、智慧，最后打开顶上一结即圆证三身五智而成佛果修如上次第相应成就者可称为瑜伽士。
《瑜伽经·威力》中列举了瑜伽行者得三摩地后所得各种超人能力（神通),在证最后果位之前也可先得超人威力，即六种神通（天眼通、天耳通、神足通、他心通、宿命通、漏尽通）。其中前五通与婆罗门教瑜伽派等相似，漏尽通为佛教所独有。此中神足通（神境通）又分能变通、能化通两种。能变通有十八变，即振动、炽然、流布等；能化通有三化，即化为身，化为境，化为语。龙树所作《方便心论》，列举“瑜伽外道”有能小、为大、轻举、远到、随所欲、分身、尊胜、隐没等 “八自在”。又在《大智度论》中列举佛教有能小、能大、能轻、能自在、能自主、能无至（此又有飞行远至、此没彼出、移远为近不往而到、于一念中遍到十方等 4种）、能动（6种或18种震动）、随意等“八神变”。
瑜伽士是跟出家人的区别，主要就是瑜伽士并不用像出家人一样去剃度，也就是剃光自己的头发。而且瑜伽士是受到其它一些规则的约束，并且保持自己不去触犯不允许的规律就可以了。
瑜伽士是可以娶妻在家过生活的，但是大部分时间还是会放在修行上，而出家人的话，就是真正的离开家里去到寺庙，或者是去到某一个比较偏僻的地方进行着自己的修行生活，而不会娶妻生子这样子。
瑜伽士虽然也是修行的范畴，但是他们是不属于出家人的，而且他们是不能参与出家人的活动。
这也是瑜伽士跟出家人的区别而且瑜伽士如果对自己有更多的约束的话，也跟出家人一样，剃度出家的话那跟出家人在外貌看起来是没有多大区别的，但是参加的活动可能就会有很大的区别。
藏传佛教的瑜伽士又称瑜伽师，一般指修行佛法已经见到心性本面的修行人，最低成就是可以食用各种最毒的毒物（如鹤顶红一类）不会中毒，而是能够将毒物化成甘露滋养自身。藏传佛教的瑜伽士修炼的瑜伽与现在流行的美体塑形的瑜伽不同，瑜伽士修炼的瑜伽主要是为了证悟心性本面从而获得出世间的智慧境界，与世间人追求美体塑形完全不相干。
