1966年8月8日，中共八届十一中全会通过《关于无产阶级文化大革命的决定》（通常称为“十六条”），由毛泽东发动的文化大革命正式开始。8月中旬，贺龙对文革中无限上纲的作法表示不满：“现在这种搞法，有点像党内搞清理阶级队伍，难道这些老干部为革命工作多半辈子，他们是什么阶级还不清楚吗？ ”
9月5日，毛泽东将吴法宪写的（中共官方称是林彪指使）攻击贺龙的信交给贺，说：“你不要紧张，我对你是了解的。我对你还是过去的三条：忠于党忠于人民，对敌斗争狠，能联系群众。” 9月6日，林彪受毛泽东委托，就贺龙问题在中央军委会议上正式“打招呼”：“军内开展文化大革命以来，军委各总部、各军兵种以及某些大军区都有人伸手，想在那里制造溷乱，企图乱中夺权。……他们的总后台是贺龙，因此主席说要在军内高级干部中打招呼，对贺龙的野心要有所警惕。”，到会的几位元帅表态拥护毛的决定 。
贺龙要见毛泽东，毛不见让他“你可以登门拜访，征求一下有关同志意见”。9月10日，贺去见林，尽管按毛的说法“这个贺龙，到哪里都带着枪嘛。”使林的妻子叶群极为紧张，但林还是见了贺 。林站起来笑着和贺龙握手，寒暄过后贺问“林总，我今天来想听听你对我有什么意见？”，林答“贺老总，我对你没有意见”，贺说“不，林总，总会有一点吧！”，林沉默了一会儿说“要说有吧，也只那么一点点，就是，你的问题可大可小，主要的是今后要注意一个问题，支持谁，反对谁。” 其后贺龙又找了其它到会者，但他们都很冷淡 。
11月13日，贺龙在中共中央军委接见外地来京串连的军队院校师生大会上，要求军队院校师生发扬光荣传统，遵守纪律，不介入、不干涉地方文化大革命，不参加上街游行、（毛泽东）炮打司令部等活动 。
“二月兵变”，是林彪、康生等人为打倒贺龙、彭真而捏造的谣言。事实是，1966年2月，根据中央军委指示，北京军区从外地调一个团加强北京卫戍区。因一时缺乏营房，曾派人到北京大学、人民大学等处借房，后并未入住。“文化大革命”发生后，北大的一名团干部对此发生怀疑，写了一篇大字报题为《触目惊心的二月兵变》，并被传抄，引起强烈反应。此事被康生抓住，他7月27日在北京师范大学讲话时说：“北京市彭真这个大黑帮，他们策划政变……策划在北大、人大，每个学校驻一营军队，这是千真万确的……这件事含有极大的阴谋。”藉以煽动群众。后来，康生又说：“贺龙私自调动军队搞二月兵变”等等。林彪对此也极力加以利用。1980年中央为贺龙平反时明确指出：“二月兵变”纯系谣言。1967年1月，毛泽东决定隔离贺龙，他和周恩来在中南海作了专门研究，要周亲自去落实 。1月19日，周恩来和李富春代表中央跟贺谈话（这个时间有人把宣传车停在中南海墙外，不断高喊“打倒贺龙”）：“林彪说有人向他反映，说你讲他长征中的坏话，有这事吗？”贺说：“我只是在延安时曾问过某人，不知道林彪在历史上的问题。”周：“林彪还说你在总参、海军、空军、装甲兵、通信兵等到处伸手，不宣传毛泽东思想，说毛主席百年之后他不放心。”“还有，关于洪湖肃反扩大化问题，你、夏曦、关向应都有责任，你要好好想一想。”“你什么都不用说。毛主席不都和你谈过了嘛，毛主席还是要保护你的嘛！”“对于你的安全我负责，我也要保你。我想把你留下，但中南海这个地方也是两派，也不安全，连朱老总家的箱子也被撬了。”“我给你找了一个安静的地方，去休息休息。”“家里的事，我顶着，你就别管了。我已经安排好了。你不要着急，杨德中护送你，夜间再走。”周还让贺龙交出了身上的枪。警卫部队把贺龙夫妇送到北京西郊的山区 ，贺从此失去人身自由。9月，贺被立案审查 。
1968年10月13日举行的中共第八届十二中全会上，毛泽东宣布他对贺龙不保了。中共官方则称林彪没有放弃整垮贺龙的企图，不久，林彪、江青就找到了贺龙夫妇的藏身之地，并将他们作了秘密转移。周再也找不到贺无法保护和关照他了。1969年6月9日，贺龙被长期迫害致死 。
