官级不同，管理范围不同。
1、官级不同，首席噶伦官级高于噶伦官级，噶伦受首席噶伦管辖。
2、管理范围不同，首席噶伦管理所以噶伦，噶伦管理各自势力范围的地方行政事务。噶伦，官名。藏语音译，亦作“噶布伦”、“噶卜伦”。
关于你的问题通过杭州图书馆CNKI网络查询可以获得相关内容关于土司：元、明、清各朝在少数民族地区授予少数民族地区首领世袭官职，以统治该族人民的制度。也指被授予这种官职的人。
土——土人，即当地人；司——管理：土司——任命当地头人为管理者，负责当地行政，赋税，官司，招兵等等的责任。
关于噶伦：清朝皇帝封西康地区的一个青年活佛为七世xx喇嘛，护送入藏；任命四名有功有名望的藏官为“噶伦”，管理西藏政务。
由于两种制度管辖的区域不一样，职责不一样，但是总体说来噶伦相当省级政务官，而土司更多是自治县的县长，如果是西藏的土司则更多会受到噶伦的影响
如果不是藏区的，那么土司会有更大的自由度。
参考来源：http://baike.baidu.com/view/77112.htm
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