首先搞定下属
如果发现了领导越级指挥，员工越级上报这种情况，找个时间跟这个员工详细了解清楚事情的来龙去脉，到底是因为什么原因，只有对下面的情况了解了才能做到知己知彼。
开会向所有下属传达：不管领导直接安排什么工作，你们都要向我汇报，由我向领导汇报进展情况。告诉他如果没有经过你同意擅自听从领导的安排出现问题一律自负。给你的下属定义好工作职责，告诉他的操作、协调的范围
领导发现越级安排的事情，最终都会由你来汇报情况，他将慢慢增加与你的沟通，直至完全向你发出指令。如果领导是故意的。那就两种方案，一种是你也越级，找他的上级去陈述情况，如果他本身就是老板，那最好不要在这种企业呆了。会被各种党派斗争吞没，没有必要。
2.其次是管理好上级
自己的工作及时汇报给上司，并争取上司的意见与建议；
对自己的领导进行分析，针对不同类型的领导，要运用不同的沟通技巧，不能去触摸他们的逆鳞。建议参阅“用九型人格分析法管理老板”方面的资料。
多提意见和建议，让上司知道你的能力。
如果默许领导指挥我的下属，万一有事需要我的下属完成，人又不在，只能叫其他人完成，而其他下属又接受了额外的任务，心中难免有些不愉快，在以后的工作相处中，或许会有员工抱怨，影响自己和下属的相处以及工作。
若要反对上级领导指挥我的下属，又会惹领导生气，影响自己和领导的关系，前程估计也会有所影响。
那么要如何处理呢？
首先要先了解下属是否要长时间离开岗位，如果时间过长，跟领导好好沟通，让领导清楚地知道自己下属也有重要的工作。让领导心中有个数，也让他认为你是尊敬上司的。
其次，之所以会让上级指挥你的下属，也可能是自己的管理出现漏洞，让上级以为你的下属比较闲，才会趁虚而入，因此你要管理好你的下属，别给人一种没事很闲的感觉。
最后，也是最重要的，你要把你的行事节奏加快，赶在你的上级之前，为你上级即将要安排的事先想好决策，出谋划策，让你的上级认为你是有能力的人，是个值得信赖且托付的人，这样就会避免找你的下属。
什么是“越级命令”？古往今来，世界上大多数组织，包括政党和企业，都采用了“分级管理”制度。这个制度有两个突出的优点:权责明确，程序规范。换句话说，等级制度规定“谁对谁负责；谁汇报给谁请示”。任何不按照本规定进行的活动都属于越级指挥。当然，在个别场合，同样的工作也可以多层次、多部门单独汇报，让高层领导详细了解情况。但这些都不是一般情况，不属于日常工作流程。一般情况下，我们每个人从进公司的那天起都会被明确告知——你对谁负责，你向谁汇报。只有了解了这项工作的基本规律，才能正式开始工作。
为什么会有“越级命令”？
由于层级制原则有利于组织加强统一指挥原则，它保证了组织内部信息的顺畅沟通。为什么会出现越权的现象？
第一，急。当单位遇到重要紧急工作时，必须动员所有人员完成。这时候就是按照“分工不分家”的原则出兵。不存在该不该做，能不能做的问题。关键是立即高质量地完成上级交办的任务。
第二，人力不足。部分部门人员因出差、调动、培训等原因暂时紧缺，需要单位调配人员。
第三，有真正的需要。比如一个部门的重要工作和复杂问题需要其他部门解决，或者有人有特长和特长，能很好的完成某项工作，那么在不花费太长时间的前提下，其他部门的领导就请此人过来帮忙。
第四，不拘小节。做大事的都是不拘小节的，有些领导不重视这些小问题。比如你的位置正好在办公室门口，会要求你复印一份文件，去其他部门获取信息，通知某人参加会议。这些任务，占用时间短，难以完成，效果差不多。为了简化繁杂的手续，提高工作效率，不需要受层级管理体系的束缚。
对于我来说，有三种方式来处理已经插手干预具体事务的领导:
一，是装傻。有时候一个伟大的领导者就是“为了发号施令而发号施令”。当他看到一切的时候，他要表现出他什么都知道，一切都在他的掌控之中。其实具体事情的来龙去脉他也不清楚，也不想说清楚。下达一些指令后，他转身走开，不再问问题，也不在乎你执行不执行。
比如你的部门经理让你做一个可有可无的统计表，董事长正好路过，关切地问你在干什么。你说你在做统计表，他看了看表，有些不以为然地说:“这种表太繁琐了，对工作决策没有帮助。现在文山遇海，形式主义不能接受！以后不要做这种统计表了。”说完转身走了。你呢？你必须继续做手表，否则，你怎么能和经理一起工作呢？反正主席说了之后就直接说了。
二，争取理由。有些事情，装聋作哑是混不下去的。领导说了之后，还是盯着你，一定要落实。如果你不按照他的指示去做，你就做不到。这时候你一定要机智的跟他解释:为什么他的方法不行，如果这样做了会怎么样。这个时候你要特别注意你用来表达的词语，不能表现出领导什么都不懂。如果你说明情况后他还坚持自己的意见，那你就要按照他说的去做。反正你已经尽到了自己的责任，谁听上级的，有问题自然要负责。
三，用实践证明领导的错误，然后努力及时改正。比如你和大领导要从北京出差去山东。你的经历告诉你，坐飞机不靠谱，因为早上高峰时间在机场很容易堵车，耽误行程。所以你订了高铁票，坐高铁很快。领导听说了，不同意，坚持坐飞机去。你解释说北京早高峰堵车，赶不上飞机会耽误事情，他不听。这时没必要再争论了，只能听他的。如果不出意外，你就被困在东三环了。当他看了看表，汗流浃背的时候，他明白你的观点是正确的。这个时候不要过多的说你原来的计划有多有远见，领导肯定不想听。你应该迅速提出补救措施:
是有必要向自己的中层领导进行报备的，主要原因就在于如果自己不报备的话，可能会引发领导的不满，对于自己未来的发展都可能会造成一些不良的影响，而且没有获得中层领导的认可就给其他人工作，这也会让我们出现腹背受敌的情况。