根据食用菌生产栽培对所用菌种的制种工艺程序、繁衍扩大步骤、分离接种途径等多方面综合因素的不同要求，人为地把菌种分为三级：
（1）一级菌种
又叫母种、试管种（图2-1），是指由孢子、子实体组织、菇（耳）木或基质菌丝分离纯化，并在试管培养基上繁殖的菌丝体、芽孢及其培养基质。其来源有3个：用各种育种手段得到；直接从子实体本身（组织及孢子）或菇木（耳木）分离得到（又称原始母种）；从国内外引进的包装在试管或培养皿中的菌种。因包装一级菌种的容器多数为规格不一的试管，所以又有“试管种”之称。它主要用于菌种的分离、提纯、转管、扩大和保存。原始母种数量较少，一部分原始母种试管作保藏用，另一部分再次转管扩大成母种，用于生产。
图2-1 一级菌种
（2）二级菌种
又叫原种（图2-2），由一级种繁殖而成。其培养基以天然材料为主，添加适量可溶性营养物质配制而成的固体半合成培养基，该培养基更接近于生产基质。因此，二级种可以直接用于生产栽培。但由于数量较少，若用于生产，则成本过高，只有繁殖成三级种后，才能适应生产的需要，为此二级种又称过渡种，即从一级种向三级种的过渡，从少量向多量过渡。在这过渡过程中，为保证三级种应有的高纯度，和一级种一样有必要强调菌种培养基灭菌要采用高压灭菌等规范操作。
图2-2 二级菌种
（3）三级菌种
又叫生产种、栽培种（图2-3），是为适应大规模栽培（生产）的需要，将二级菌种作扩大繁殖而得到的菌种。培养基和二级种基本相同或更接近栽培基质，是直接用于栽培的菌种。由于三级种是菌种场的主要产品，参与商品流通，为了便于运输，避免容器破损，同时也为了降低生产成本，常用聚丙烯塑料袋或乙烯袋代替菌种瓶。从数量上看，一支一级种可繁殖6～8瓶二级种、一瓶二级种可生产20～40袋三级种。
图2-3 三级菌种
菌种的繁殖过程不仅要增加菌种的数量，也是菌种选育过程的延续和验证，各级菌种的繁殖培养期间，要不断留优去劣，这是菌种生产者需掌握的重要技术。
