特别行政区享有高度的自治权：
一、行政管理权
除国防、外交以及其他根据基本法应当由中央人民政府处理的行政事务外，特别行政区有权依照基本法的规定，自行处理有关经济、财政、金融、贸易、工商业、土地、教育、文化等方面的行政事务。
二、立法权
特别行政区享有立法权。虽然立法机关制定的法律须报全国人大常委会备案，但并不影响该法律的生效。
三、独立的司法权和终审权
特别行政区法院独立进行审判，不受任何干涉；特别行政区的终审法院为最高审级，该终审法院的判决为最终判决。
四、自行处理有关对外事务的权力
根据《中华人民共和国香港特别行政区基本法》规定，中央人民政府可授权特别行政区依照基本法自行处理有关对外事务。
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中央与特别行政区的关系：
根据基本法的规定，特别行政区是中华人民共和国享有高度自治权的地方行政区域，直辖于中央人民政府。因此，中央与特别行政区的关系，是一个主权国家内中央与地方的关系，或者说是中央对特别行政区进行管辖和特别行政区在中央监督下实行高度自治而产生的相互关系。这种关系的核心在于中央与特别行政区的权力划分和行使。特别行政区的高度自治权前已述及。中央对特别行政区行使的权力主要有：
（一）、中央人民政府负责管理与特别行政区有关的外交事务。
（二）、中央人民政府负责管理特别行政区的防务。
（三）、中央人民政府任命特别行政区行政长官和行政机关的主要官员。
（四）、全国人大常委会有权决定特别行政区进入紧急状态。
（五）、全国人大常委会享有对特别行政区基本法的解释权。
（六）、全国人大对特别行政区基本法享有修改权等等。
参考资料来源：百度百科-特别行政区制度
除外交和国防事务外，特别行政区依照《特区基本法》的规定，享有高度的自治权。具体包括以下几方面：（1）在行政管理方面，中央人民政府负责特区的外交、防务，特区政府可自行制定有关政策，处理特区政务，维护社会治安。特区可签发特区护照，自行管理出入境事务等。
（2）在立法权方面，除有关外交、防务和关于国家统一、主权的法律等必须由全国人大及其常委会制定以外，特别行政区享有制定和修改民事、刑事、商事、诉讼程序等法律的权力。在特区实行的法律为特区基本法以及基本法第八条规定的澳门原有法律和特区立法机关制定的、并报全国人民代表大会常务委员会备案的法律。特区立法会可以在特区基本法许可范围内立法，或修改、废除法律。仅以涉及国防，外交和其他依法不属于自治范围内事务法律为限。
（3）在司法权方面，特别行政区法院除对国防、外交等国家行为无管辖权外，对区内所有案件都可审理，并具有终审权，特区终审权属于特区特别行政区终审法院。
（4）在经济方面，特别行政区拥有自己单独的财税制度、货币发行体系和金融政策决定权。特别行政区收入自行支配，不上缴中央政府，中央政府也不在特区征税；澳门元港元是特区的法定货币，货币发行权属于特区政府，并可自由兑换。
（5）在对外事务方面，特别行政区依法可以“中国澳门“、”中国香港”名义在经济、贸易、金融、航运、通讯旅游、文化、体育等领域单独同世界各国、有关国际组织保持和发展联系，签订和履行有关协议。
