一、概念不同
1、分子是独立存在而保持物质化学性质的最小粒子，由组成的原子按照一定的键合顺序和空间排列而结合在一起的整体，这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构。由于分子内原子间的相互作用，分子的物理和化学性质不仅取决于组成原子的种类和数目，更取决于分子的结构。
2、原子构成化学元素的基本单元和化学变化中的最小微粒，即不能用化学变化再分的微粒，由原子核和绕核运动的电子组成。原子构成一般物质的最小单位，称为元素。已知的元素有119种。 因此具有核式结构。
二、化学变化中是否可分
1、分子在化学变化中可分。
2、原子在化学变化中不可分，原子可重新组合成新分子再构成新物质或直接构成物质。
三、特性不同
1、原子的质量非常小，且不停地作无规则运动；原子间有间隔；同种原子性质相同，不同种原子性质不相同。
2、分子之间有间隔；一切构成物质的分子都在永不停息地做无规则的运动。温度越高，分子扩散越快，固、液、气中，气体扩散最快。
由于分子的运动跟温度有关，所以这种运动叫做分子的热运动；一般分子直径的数量级为10^-10m；分子很小，但有一定的体积和质量；同种物质的分子性质相同，不同种物质的分子性质不同。
参考资料来源：百度百科－分子
参考资料来源：百度百科－原子
分子和原子的关系是：分子由原子构成。
分子与原子都是构成物质的一种粒子，质量和体积都非常小，彼此间有间隔，在不停地运动，都既有种类之分，又有个数之别，都不显电性。
分子总是在不断的运动，分子之间有间隙。
分子结构：
分子结构最好在接近绝对零度的温度下测定，因为随着温度升高，分子转动也增加。量子力学和半实验的分子模拟计算可以得出分子形状，固态分子的结构也可通过X射线晶体学测定。体积较大的分子通常以多个稳定的构象存在，势能面中这些构象之间的能垒较高。
分子结构涉及原子在空间中的位置，与键结的化学键种类有关，包括键长、键角以及相邻三个键之间的二面角。
