哺乳纲
灵长目:蜂猴、倭蜂猴、台湾猴、北豚尾猴、喜山长尾叶猴、印支灰叶猴、黑叶猴、菲氏叶猴、戴帽叶猴、白头叶猴、肖氏乌叶猴、滇金丝猴、黔金丝猴、川金丝猴、怒江金丝猴、西白眉长臂猿、东白眉长臂猿、高黎贡白眉长臂猿、白掌长臂猿、西黑冠长臂猿、东黑冠长臂猿、海南长臂猿、北白颊长臂猿
鳞甲目:印度穿山甲、马来穿山甲、穿山甲
食肉目:豺、马来熊、大熊猫、紫貂、貂熊、大斑灵猫、大灵猫、小灵猫、熊狸、小齿狸、缟灵猫、荒漠猫、丛林猫、金猫、云豹、豹、虎、雪豹、西太平洋斑海豹
长鼻目:亚洲象
奇蹄目:普氏野马、蒙古野驴、藏野驴
偶蹄目:野骆驼、威氏鼷鹿、安徽麝、林麝、马麝、黑麝、喜马拉雅麝、原麝、黑麂、豚鹿、梅花鹿、西藏马鹿(包括白臀鹿)、塔里木马鹿、坡鹿、白唇鹿、麋鹿、驼鹿、野牛、爪哇野牛、野牦牛、蒙原羚、普氏原羚、藏羚、高鼻羚羊、秦岭羚牛、四川羚牛、不丹羚牛、贡山羚牛、赤斑羚、喜马拉雅斑羚、塔尔羊、西藏盘羊、台湾鬣羚、喜马拉雅鬣羚
啮齿目:河狸
海牛目:儒艮
鲸目:北太平洋露脊鲸、灰鲸、蓝鲸、小须鲸、塞鲸、布氏鲸、大村鲸、长须鲸、大翅鲸、白鱀豚、恒河豚、中华白海豚、长江江豚、抹香鲸
鸟纲
鸡形目:四川山鹧鸪、海南山鹧鸪、斑尾榛鸡、黑嘴松鸡、黑琴鸡、红喉雉鹑、黄喉雉鹑、黑头角雉、红胸角雉、灰腹角雉、黄腹角雉、棕尾虹雉、白尾梢虹雉、绿尾虹雉、蓝腹鹇(蓝鹇)、褐马鸡、白颈长尾雉、黑颈长尾雉、黑长尾雉、白冠长尾雉、灰孔雀雉、海南孔雀雉、绿孔雀
雁形目:青头潜鸭、中华秋沙鸭、白头硬尾鸭
鸽形目:小鹃鸠
鸨形目:大鸨、波斑鸨、小鸨
鹤形目:白鹤、白枕鹤、赤颈鹤、丹顶鹤、白头鹤、黑颈鹤
鸻形目:小青脚鹬、勺嘴鹬、黑嘴鸥、遗鸥、中华凤头燕鸥、黄嘴河燕鸥
鹱形目:黑脚信天翁、短尾信天翁
鹳形目:彩鹳、黑鹳、白鹳、东方白鹳
鲣鸟目:白腹军舰鸟
鹈形目:黑头白鹮、白肩黑鹮、朱鹮、彩鹮、黑脸琵鹭、海南鳽、白腹鹭、黄嘴白鹭、白鹈鹕、斑嘴鹈鹕、卷羽鹈鹕
鹰形目:胡兀鹫、白背兀鹫、黑兀鹫、秃鹫、乌雕、草原雕、白肩雕、金雕、白腹海雕、玉带海雕、白尾海雕、虎头海雕
鸮形目:毛腿雕鸮、四川林鸮
犀鸟目:白喉犀鸟、冠斑犀鸟、双角犀鸟、棕颈犀鸟、花冠皱盔犀鸟
隼形目:猎隼、矛隼
雀形目:黑头噪鸦、灰冠鸦雀、金额雀鹛、黑额山噪鹛、白点噪鹛、蓝冠噪鹛(靛冠噪鹛)、黑冠薮鹛、灰胸薮鹛、棕头歌鸲、栗斑腹鹀、黄胸鹀
爬行纲
龟鳖目:缅甸陆龟、凹甲陆龟、四爪陆龟、红海龟、绿海龟、玳瑁、太平洋丽龟、棱皮龟、鼋、斑鳖
有鳞目:大耳沙蜥、鳄蜥、孟加拉巨蜥、圆鼻巨蜥、西藏温泉蛇、香格里拉温泉蛇、四川温泉蛇、莽山烙铁头蛇
鳄目:扬子鳄
两栖纲
有尾目:安吉小鲵、中国小鲵、挂榜山小鲵、猫儿山小鲵、普雄原鲵、辽宁爪鲵、镇海棘螈
硬骨鱼纲
鲟形目:中华鲟、长江鲟、鳇、白鲟
鲱形目:鲥
鲤形目:北方铜鱼、扁吻鱼
鲇形目:长丝