纸层析原理：两种不同溶剂中的分配系数不同。原因是由于纤维素上的亲水羟基使这部分水围绕在纤维素周围，不易扩散而形成固定相。
不同的物质因其在各种溶剂中的溶解度不同，因而也就有不同的分配系数。分配层析中应用最广泛的多孔支持物是滤纸，其次是硅胶、硅藻土、纤维素粉、淀粉和微孔聚乙烯粉等。
理论依据：
在实际操作中，点样后的滤纸一端浸没于流动相液面之下，由于毛细作用，有机相即流动相开始从滤纸的一端向另一端渗透扩展。
当流动相（有机相）沿滤纸经点样处时，样品点上的溶质在水和有机相之间不断进行分配，一部分样品离开原点随流动相移动，进入无溶质区，此时又重新分配，一部分溶质由流动相进入固定相（水相）。
随着流动相的不断移动，因样品中各种不同的溶质组分有不同的分配系数，移动速率也不一样，所以各种不同的部分按其各自的分配系数不断进行分配，并沿着流动相流动的方向移动，从而使样品中各组分得到分离和纯化。
纸层析法的原理是相似相溶原理。纸层析法又称纸色谱法，是用纸作为载体的一种色谱法，其应用的原理是相似相溶原理，是通过分裂系的在同一介质中分散速度不同来分析的。
以纸为载体的色谱法。固定相一般为纸纤维上吸附的水分，流动相为不与水相溶的有机溶剂；也可使纸吸留其他物质作为固定相，如缓冲液，甲酰胺等。将试样点在纸条的一端，然后在密闭的槽中用适宜溶剂进行展开。当组分移动一定距离后，各组分移动距离不同，最后形成互相分离的斑点。将纸取出，待溶剂挥发后，用显色剂或其他适宜方法确定斑点位置。根据组分移动距离（Rf值）与已知样比较，进行定性。用斑点扫描仪或将组分点取下，以溶剂溶出组分，用适宜方法定量（如光度法、比色法等）。
纸层析是层析法的一种,要了解纸层法还得从层析法开始.层析法又称色层分析法或色谱法（Chromatography）,是一种基于被分离物质的物理、化学及生物学特性的不同,使它们在某种基质中移动速度不同而进行分离和分析的方法.例如：我们利用物质在溶解度、吸附能力、立体化学特性及分子的大小、带电情况及离子交换、亲和力的大小及特异的生物学反应等方面的差异,使其在流动相与固定相之间的分配系数（或称分配常数）不同,达到彼此分离的目的.层析法的最大特点是分离效率高,它能分离各种性质极相类似的物质.而且它既可以用于少量物质的分析鉴定,又可用于大量物质的分离纯化制备.因此,作为一种重要的分析分离手段与方法,它广泛地应用于科学研究与工业生产上.现在,它在石油、化工、医药卫生、生物科学、环境科学、农业科学等领域都发挥着十分重要的作用.
层析根据固定相基质的形式分类,层析可以分为纸层析、薄层层析和柱层析.其中纸层析是指以滤纸作为基质的层析.
