分子与原子的联系：分子由原子构成。
1、化学反应不同：分子在化学反应中可以再分（在化学反应中，分子分裂成原子，由原子重新组合成新的分子）。原子在化学反应中不能再分。在化学变化前后，原子的种类、性质都不变。
2、性质不同：分子保持物质化学性质的最小粒子。原子的化学变化中的最小粒子。
3、特点不同：构成物质的每一个分子与该物质的化学性质是一致的，分子只能保持物质的化学性质，不保持物质的物理性质。原子也不断地运动着，原子虽很小但也有一定质量。
原子构成禁忌
1、质子数决定元素的种类。
2、最外层电子数决定元素的化学性质。一般金属元素的原子最外层电子数小于4，在化学反应中易失去电子。
3、非金属元素的原子最外层电子数大于4，在化学反应中易得到电子。
4、稀有气体元素的原子既不易得电子，也不易失电子，化学性质稳定。
5、最外层电子数为8或当只有一个电子层时，电子数为2的结构是稳定结构。
以上内容参考 百度百科-分子、百度百科-原子
分子构成大多数物质(除惰性气体,金属外),而原子构成分子,一些物质直接由原子构成,如惰性气体,金属.
化学上主要强调:原子是参与化学反应中最小微粒,分子是保持物质化学性质的微粒.
分子和原子的相似点有：①分子和原子都是构成物质的基本微粒.有的物质由分子构成.如氧气由氧分子构成；二氧化碳由二氧化碳分子构成.有的物质由原子构成.如金刚石由碳原子构成.②分子和原子的体积都很小.③分子和原子质量都很小,但仍有质量,如一个水分子的质量为2.99×10-26 kg,一个氧原子的质量为2.657×10-26 kg.④分子和原子都在不停地运动着.⑤分子间和原子间都有一定的间隔.物质在不同的条件下有三态变化主要是由于分子间或原子间的间隔大小变化的缘故.⑥分子和原子都有可分性,又都具有不可分性.⑦分子间和原子间都有相互作用.如,氧气、氢气在常温下是气体,当加压降温时能凝结为液体,进一步还可以凝固成固体.这就说明分子间存在着相互作用,作用大小和分子间的距离及质量有关系,此外,每两个氧原子能结合成一个氧分子,每个氧分子在通常情况下都不能分开成两个氧原子.这就说明原子间也有相互作用.不同点有：①在化学反应中分子分解成原子,而原子却不能再分.②分子能独立存在,原子一般来说不能独立存在.联系点：分子是由原子构成的.原子是构成分子的微粒,原子也是直接构成物质的一种微粒.