一、 按分子形状分类
1.球状蛋白质 蛋白质分子长短轴之比小于10.生物界多数蛋白质属球状蛋白质.
2.纤维状蛋白质 蛋白质分子长短轴之比大于10.多为生物体的结构材料.
二、 按组成成分分类
1.单纯蛋白质 蛋白质组分中只含有α-氨基酸.天然蛋白质大多属于此类.
2.缀合蛋白质 如前所述,此类蛋白由单纯蛋白质与称做辅基的非蛋白物质结合而成.根据辅基不同,又可分为核蛋白、色蛋白、糖蛋白、脂蛋白、磷蛋白和金属蛋白等.
3.在缀合蛋白质中都是以蛋白质为其主体成分,各种辅基为其次要组成.
三、 按溶解度分类
1.可溶性蛋白质 可溶性蛋白质是指可溶于水、稀中性盐和稀酸溶液.
2.醇溶性蛋白质 一类不溶于水而溶于70％～80%乙醇的蛋白质.
3.不溶性蛋白质 此类蛋白质既不溶于水、稀盐溶液,也不溶于一般有机溶剂.
可溶性蛋白质含有较多亲水性氨基酸。
亲水性氨基酸包括：
甘氨酸（Gly）丝氨酸（Ser）苏氨酸（Thr）半胱氨酸（Cys）酪氨酸（Tyr）天冬酰胺（Asn）
谷氨酰胺（Gln）赖氨酸（Lys）精氨酸（Arg）组氨酸（His）天冬氨酸（Asp）谷氨酸（Glu）
也含有少量疏水氨基酸，比如：
丙氨酸（Ala）缬氨酸（Val）亮氨酸（Leu）异亮氨酸（Ile）脯氨酸（Pro）苯丙氨酸（Phe）
色氨酸（Trp）蛋氨酸（Met）
