旗是内蒙古自治区独有的县级行政单位，级别相当于地级市所辖的区、县（或自治县），旗属于蒙古族自治地方，设有旗政府，最高行政长官为旗长，自治旗相当于除蒙古族外的其他少数民族自治县。
内蒙古共下辖有49个旗，3个自治旗，3个自治旗分别是鄂伦春自治旗、莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂温克族自治旗。
内蒙古的49个旗
土默特左旗、土默特右旗、达尔罕茂明安联合旗、陈巴尔虎旗、新巴尔虎左旗、新巴尔虎右旗、阿荣旗、科尔沁右翼前旗、科尔沁右翼中旗、扎赉特旗、科尔沁左翼中旗、科尔沁左翼后旗、库伦旗、奈曼旗、扎鲁特旗、阿鲁科尔沁旗、巴林左旗、巴林右旗、克什克腾旗、翁牛特旗、喀喇沁旗。
敖汉旗、阿巴嘎旗、苏尼特左旗、苏尼特右旗、东乌珠穆沁旗、西乌珠穆沁旗、太仆寺旗、镶黄旗、正镶白旗、正蓝旗、察哈尔右翼前旗、察哈尔右翼中旗、察哈尔右翼后旗、四子王旗、达拉特旗、准格尔旗、鄂托克前旗、鄂托克旗、杭锦旗、乌审旗、伊金霍洛旗、乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗、杭锦后旗、阿拉善左旗、阿拉善右旗、额济纳旗。
旗，在中国是行政级别等同于市辖区、县级市、县等县级的行政区。旗，即行政地位与县相同，为内蒙古自治区特有的县级行政区。清代初年，仿照满洲的八旗制度在蒙古地区设立旗作为基层行政区，沿用至21世纪。
