文昌鱼叫鱼但不是鱼，它是一种比鱼类原始得多的脊索动物，是无脊椎动物进化到脊椎动物的过渡种类。目前地球上这类动物现存下来的种类非常稀少，所以这种不起眼的小鱼成了科学家的宠儿，它可以帮助科学家研究鱼类起源等问题。
判断是否是鱼类可以先从动物分类学方面入手，这样以后再遇到类似的问题自己就清楚了。
脊索动物门中分三个亚门，分别是
1.尾索动物亚门，如海樽、海蛸
2.头索动物亚门，如文昌鱼
3.脊椎动物亚门，分圆口纲、软骨鱼纲、硬骨鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲和哺乳纲。
圆口纲是最低等的脊椎动物，如盲鳗、七鳃鳗，但它们不是鱼。
鱼类分两个大纲：
一是软骨鱼纲，如鲨鱼、中华鲟、蝠鲼、银鲛、鳐等等。
二是硬骨鱼纲，如鲫鱼、鲤鱼、鲈鱼、鲽鱼、带鱼等等。
因此，文昌鱼不是鱼，是一种鱼形的头索动物。
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文昌鱼是一种半底栖生物，基本生存条件是“沙”。文昌鱼体形狭长，略呈透明的淡红色，两端尖细，没有分化的头部，见不到眼、耳、鼻，只有一个没有分化的消化器官和一条跳动的腹血管，依稀可以辩出口和咽喉，一条直肠通肛门，身体很短少，每500克重就会有4000多条文昌鱼。文昌鱼说它是“鱼”，实际上并不是鱼。它是介于无脊椎动物和脊椎动物之间的动物，而更趋向于脊椎动物。
