但是这不能说明鱼发光为什么会颜色不同，首先这是的确是生物长期进化的结果，但不是完全随机的，而是生物随机变异的非随机保留与淘汰。
就以红光为例，我们都知道红光的波长在可见光里最长，因此它传播的距离也最长。汽车雾光灯也是这个原理，在深海海水中杂质较多的地方生活的发光鱼类就较多的发出红光。
而在其他环境中，红光则是颜色很浅的一种光，不适于诱捕猎物和其他的生存活动。
再说其他颜色的光，其实原理都是一样的，都是为了生存，而在长期的生存竞争中进化出来的。
另外，需要说明的是。在atp中的能量转移到荧光素时，能量的载体是高能的电子，然后，获得高能电子的荧光素再释放出比较低能的电子，这个能量差减去能量消耗就是荧光光子的能量，光子的能量不同，其性质（波长和频率）也就有所不同，不同颜色的光也就这样产生了。
鱼的发光器一般有两种，一种是鱼的皮肤裏的能发光的细胞，会分泌一种含磷的粘液，磷和血液中的氧接触就发出光来，有些鱼的发光器构造还挺复杂。灯霍~在头部的前边、眼的附近、身体侧线下方和尾柄上，有排列成行或成群的圆形发光器，当然，不同种类的灯霍~，它的发光器的数目和排列位置也不同，有的灯霍~尾部有一个发光的追逐器，很像汽车的尾灯；有的头部还有一个特大的发光球，很像中国古代的灯弧陌l光细胞的外面围著反光的细胞和色素细胞层发光器的上面和探照灯的结构差不多，有透镜状的结构，所以能发出比较亮的光。
另一种发光器是它的裏面有发光的细菌。光睑鲷的发光器在眼睛的下方口裏面有几亿个发光细菌这些细菌把从鱼的血液中得到的能量变为萤光。光睑鲷的发光本领胜过任何生物，在夜间人们大约从15公尺远的地方就能看到它发出的光亮。奇妙的是光睑鲷有层黑色的膜，膜升上来就把发光器盖住，与手电筒的开关一样，能使光线消失，这样就不容易暴露目标了。
在深海这种环境裏，发光使深海鱼能辨认同类，还可以引诱其他的小鱼当食物呢。因为，海裏的许多鱼有趋光性，看见有亮光就会游过来凑热闹。不过，这种特性对鱼来说并不是好事，因为人类掌握了鱼的这种特性后，他们在渔船上安装了许多集鱼灯，捕鱼时，他们将船上的集鱼灯全部打开，鱼群便聚集过来。有些小渔船则用电筒或火把把鱼吸引过来，然后大肆捕杀。
1964年，海洋生物学家戴维·弗里特曼在红海首次发现一种十分奇特的闪光鱼——光脸鲷。这种小鱼身体只有7～10厘米，生活在红海和印度洋的不到10米深处，或者在较深的珊瑚礁上面，发出的光十分明亮，在水下距离鱼18米处就能发现它，一条鱼所发的光能够使离它二米远的人在黑夜看出手表上的时间。
海洋生物学家认为，到目前为止，光脸鲷是陆上、海上所有发光动物中发光高度最高的一种发光动物。尤其使人感兴趣的是，光脸鲷的眼睛下缘不仅有一个很大的新月形发光器官，而且还具有一层暗色的皮膜，附着在它的发光器官的下面。皮膜一会儿上翻，遮住了发光器官，一会儿又下拉，好似电灯升夫一样，一亮一熄，闪耀出蓝绿色的光。这种奇妙的闪光现象，在鱼类中是十分罕见的。白天，光脸鲷隐匿在洞穴或珊瑚礁中，仅在投有月光的夜晚才冒险出来，常常12～60条一起活动，多时可达2000条。它们不成线状排列，而成球形列队。
当它们拉下皮膜时，群鱼的发光器官好似无数的明亮星星，组成丁一个巨大的火球，以此来引诱小型甲壳动物和蠕虫作为自己的食料，同时也不可避免地招来了一些大型的凶猛鱼类。
当它将要受到威胁或袭击的时候，立即就巧妙地拉上了皮膜，顿时漆黑一团，乘机溜之人吉。光脸鲷的正常闪光是每分钟2—3次，受到惊扰时，次数明显增加，每分钟可以达到75次，以此来模糊敌人的视线，这就是它逃避敌害的又一种方式。象许多其他鱼类一样，光脸鲷的发光也依赖于共生发光细菌作为它的光源。据测定，这种鱼的一个发光器官中大约有100亿个发光细菌，这些细菌侵入到鱼的发光器亡上，为自己安排了一个良好的生存环境，寄主为它们提供了充足的养料，它们也帮助寄生引诱食物和逃避敌害。
由发光细菌共生而引起的发光现象。甚至在动物体死后的几小时，还能继续发光。
最近，一位海洋生物学家做了一个有趣的实验，他把捕捉列的光脸鲷故养在室内的水族箱内，同时做了一个能闪光的光脸鲷的精细模型。
当模型故人水族箱的时候，光脸鲷就纷纷向模型游来，并拉下皮蟆，闪显出蓝绿色的光。这说明了光脸鲷的闪光彼此联络的信号，也是它们群居生活的一个特征。
