东帝汶大屠杀实际上是指印尼从1975年到1999年对东帝汶的军事占领，以及之后的非法控制。在此期间，东帝汶有多达18万人死亡，包括士兵强奸和任意杀害平民。印度尼西亚试图利用饥荒彻底灭绝这个种族。2006年被披露后，只是受到谴责。
东帝汶的大屠杀是有历史根据的。历史上，东帝汶一直作为意大利的附属国存在。他没有实际权力，就像一只随风飘荡的木筏。但这还没有结束。随着殖民时代的到来，帝汶岛先后被葡萄牙和荷兰占领，然后结果就跟韩国和朝鲜一样。一半属于葡萄牙，一般属于印尼，这也为印尼后来的武装占领埋下了伏笔。
二战期间，这里也被日本占领。1951年，葡萄牙将东帝汶变成了葡萄牙的一个省。1960年，第15届联合国大会通过第1542号决议，宣布该岛为东帝汶非自治领土，其附属机构隶属葡萄牙政府。他虽然被葡萄牙统治，但没有东帝汶大屠杀那么惨烈。
1974年4月25日，葡萄牙爆发推翻独裁政权的武装力量运动。这期间东帝汶终于有了空缺口，因为起义的武装力量是反殖民主义的。1975年起义后，葡萄牙政府允许东帝汶举行全民公投，争取民族自决。
1975年11月28日，东帝汶宣布独立，成立东帝汶民主共和国。同年12月，印尼出兵东帝汶。1976年12月，联合国大会通过决议，呼吁印尼撤军，呼吁所有国家尊重东帝汶的领土完整和自决，但印尼不同意撤军。东帝汶大屠杀也拉开了序幕。
因为澳大利亚是最早得到信息的，所以澳大利亚对此事非常关注。早在1997年，一家澳大利亚媒体就刊登了一组关于东帝汶大屠杀的照片。内容很让人不舒服，就是一群印尼士兵轮番强奸一名东帝汶妇女，其丈夫已被印尼士兵杀害。
发布这些照片的媒体说，东帝汶大屠杀的照片是印尼士兵拍的，然后通过东帝汶士兵的特殊渠道到了自己手里。真实性相当确定，但印尼政府否认了这些照片。
2006年，联合国编写了一份关于印尼殖民时期东帝汶的报告，谴责印尼军队对东帝汶人犯下的不人道罪行。报告还指出，印尼军队在武装占领东帝汶后的统治期间，过度使用化学武器污染食物和水资源，意图利用大量饥荒将东帝汶人彻底从历史中抹去，以至于没有足够的证据让东帝汶再次从自己手中解放出来。18万人在统治期间死亡，包括饥饿和屠杀，以及各种无法形容的罪行。
1997年印尼总统因处理不当于1998年下台，但他的良心发现，在下台前，他同意东帝汶通过全民公投选择自治或脱离印尼。联合国签署了一项关于在东帝汶举行公民投票的协议。
6月11日，联合国安理会通过决议，成立联合国东帝汶特派团(东帝汶特派团)，主持东帝汶8月30日举行的全民公决。让我们看看东帝汶当时的情况。一个45万人口的国家，90%以上的人投票，同时，90%以上的人支持独立。这种独立在联合国的主持下应该是成功的，但结果并不太好。投票结束后，亲印尼派与独立派发生冲突，东帝汶局势恶化，约20万难民逃往西帝汶。与此同时，联合部队驻扎在东帝汶，并决定进行干预。
