虽然南极假说找到了一些证据，但仍然存在无法解释的问题。亚特兰蒂斯在南极洲的证明还有很多疑点，也不能百分之百确定南极洲就是亚特兰蒂斯的遗迹。
首先，时间上差别很大。历史和考古发现，关于大洪水的传说，全世界500多个古代民族都有自己的“大洪水”，有着相同的记忆。在中国语言文化中，人类文明开始的时代被称为“大时代”。虽然全球大洪水会是地球岩石圈整体滑动造成的，但时间是11000年前。各民族流传下来的集体记忆是6000多年前。
柏拉图说:“大约9000年前的梭伦，在赫拉克勒斯(直布罗陀海峡)对面有一个大岛。从那里，你可以去其他岛屿。在那些岛屿的对面，有一整片被海洋包围的陆地，这就是亚特兰蒂斯王国”。亚特兰蒂斯在公元前16000年左右突然沉入海底，时间不符。
其次，位置差异太大。亚特兰蒂斯是大西洋中间的一块孤立的大陆，而南极洲在大西洋的另一边。从西边的位置看，南极洲和亚特兰蒂斯在同一个方向。然而在南美，南极洲和传说中的南美“大西洋的母亲大陆”有很大的不同。如果整个地壳板块滑动，那么各个大陆板块的相对位置应该是基本不变的。如果南极洲真的是“母洲”，南美人就不会说它沉入大西洋了。因为南极洲离南美洲更近，所以相对位置保持不变。
南极大陆是指除周围岛屿以外的南极洲陆地。它是世界上最新发现的大陆，位于地球的最南端。南极洲95%以上的大陆被厚度惊人的冰雪覆盖，被称为“白色沙漠”。
离南极大陆最近的大陆是南美洲，两者之间有970公里宽的德雷克海峡。南极洲不仅远离其他大陆，而且被几公里甚至几百公里的冰架和浮冰所包围。冬季浮冰面积可达1900万平方公里。即使在南极洲的夏天，它的面积也有260万平方公里；南极大陆周围的海洋中还漂浮着数万座巨大的冰山，给海上航行造成了极大的困难和危险。
还是那句话，在所有古代民族的传说中，都没有大洪水期间气温显著下降的记录。说明人类的祖先并没有经历这次冲向北极的全球性自然灾害，两者在时间上是错开的。然而，在一些古老民族代代相传的记述和“经典”中，有两段甚至三段关于人类文明更替的记忆:上一次人类文明终结于“突如其来的寒冷”，上一次终结于“大洪水”。这种记忆在时间和效果上与地球板块滑动的推断是一致的。
亚特兰蒂斯依然沉睡在大西洋海底，依然难觅踪迹。也许有一天，如果我们打开南极大陆的冰山，我们可以发现人类文明早期的完整档案。
虽然问题越来越多，但人类文明在自然灾害中的演进却越来越清晰地展现出来。史前文明理论诞生于对“神秘古迹”的科学探索，通过逻辑论证发展，突破了传统观念的框架。
