一般鱼都是拍打腮来呼吸，因为鱼一般都是用腮来呼吸的。水从口腔进入后，流经鳃，从鳃的后缘流出。当水流经鳃时，水中的溶解氧会进入鳃的毛细血管，二氧化碳会由鳃排入水中。两者交换气体，所以鱼用嘴吞水，用腮排水。鱼的嘴和腮保持交叉，也就是鱼在呼吸。
大多数鱼类靠鳃呼吸，鱼类的鳃包括鳃弓、鳃丝和鳃耙。鱼的鳃盖是鳃外的一些皮褶，有些鱼可以通过鳃盖判断年龄。
鲨鱼和鳐鱼的鳃盖不发达，鳃裂直接在外面。还有无尾幼体，鳃盖与硬骨鱼相似，但其后端大部分与腹部皮肤相连，左侧仅留有一个类似鳃盖缝线的小洞。
