FAT32文件系统是win98时代最常用的文件系统。NTFS文件系统在winxp时代开始流行，一直延续到现在。两者有什么区别？主要有四个区别。
1、兼容性FAT32文件系统于1997年首次在win95第二版系统中引入使用。大磁盘的使用比FAT16强很多。在win98时代被广泛使用，因为win98系统是当时最好的个人系统。所以FAT32几乎被所有操作系统接受，至少可以兼容使用。所以FAT32文件系统的兼容性很高。32G以下的u盘如果用这种格式格式化，通用性极佳。
NTFS文件系统是在winxp时代引入的新的网络文件系统。其大容量支持进一步完善，同时增加加密、压缩等安全性。因为这些，其他操作系统对它的兼容性降低了很多。
2、容量支持因为FAT32是32位文件系统，所以每个FAT32文件表只能管理2的32次方个扇区，每个扇区的最大容量是512B。因此，最大分区容量不能超过2TB。按照微软各种系统默认的FAT32的集群大小，当集群为16KB时，单个卷的最大容量为32GB。下图是微软官网的数据。同时文件长度只有32位，所以单个文件不能超过4GB。
NTFS是一种新的文件系统。很好的解决了当前容量限制的问题，分区最大容量可达16EB(2的24次方TB)。根据Microsoft systems的NTFS默认群集大小，在64KB的群集中，单个卷的最大容量是256TB。微软官网的数据见下图。
FAT32 WebKit系统包括三个部分:引导区、文件分配表区和数据区。最多只能有四个“主分区”。Win系统比FAT16略快，DOS系统比FAT16慢。当文件分配表有问题时，只能手动执行Scandisk命令或其他类似工具检查错误，并用系统备份的FAT文件分配表覆盖问题文件分配表。
而NTFS中的所有文件都是以key-value的形式存储和组织的，支持快速搜索和定位文件，提高了操作系统对文件数据的处理效率。同时，NTFS文件系统是一个日志文件系统。所有磁盘修改都将记录在事件中。如果磁盘文件和内存文件不匹配，NTFS会自动将磁盘文件标记为损坏，并将内存文件写入磁盘的新位置，从而实现NTFS的自动修复功能。极大地提高了文件系统可用性。
4、安全性FAT32安全性差，没有特殊的安全功能。只是在共享磁盘或者文件的时候，可以给不同的用户分配不同的权限。
NTFS文件系统在安全性方面得到了极大的加强。首先，它不仅可以在共享时指定用户权限，还可以在本地访问时独立设置用户对磁盘、文件夹、文件等对象的访问权限。其次，它支持磁盘的配额管理。最后，NTFS还支持空之间的文件系统(EFS)加密和压缩。
总结毕竟NTFS是比FAT32更新的文件系统，在容量支持、可用性、安全性方面都比FAT32好很多。所以电脑一般用NTFS，u盘一般用FAT32，兼容性更好。
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