元兴二年，桓玄的弟弟，荆州刺史桓伟，在任职约一年后去世。韦欢一直是桓玄的坚定支持者。他生前忠厚老实。在他任职期间，魏赢得了荆州人民的心。他死后，桓玄没有一个直系亲属可以完全信任。起初，桓玄有意将他的堂兄许改任兖州刺史桓，出任荆州刺史。从事中郎将曹景之谏，桓修兄位高权重，桓谦居中，再让桓修掌管荆州，恐怕要出事。桓玄改变主意，任命他的叔父桓霍的儿子南郡的项桓世康为西部中郎将兼荆州刺史。
桓玄还有东晋名士特有的情景剧。他的性格特点是害羞固执，轻浮短视，缺乏成大事者所必备的坚韧厚重。元初二年，在基本消灭了北府兵残余后，宣布即将率领大军进行北伐，剿灭中原。其实他根本没有北伐之意，这一切只是一场哗众取宠的闹剧。很快，他暗示法院会出具不同意书。接到圣旨后，他公开宣布:“遵照圣旨，停止军事行动。”
桓玄非常贪婪和黑暗。别人有好的书法作品，好的绘画，好的庄园住宅。他总是想尽办法得到，但碍于面子，不会强行拿走，也不会索要，就靠赌赢。他对稀世珍宝也十分喜爱，平日里对珠宝玉器从不离手。魏死后，桓玄恸哭，群臣劝他节哀顺变。桓玄立刻不哭了，脱下丧服，好好玩玩。桓玄没有什么好的治国之道。起初，他打算废除货币，用小米、布帛进行贸易，恢复体罚。一番折腾之后，什么都没落实。
弟弟韦欢死后，桓玄也知道自己的抗命天下皆知。与其这样拖下去，不如尽早篡位，这样民心才会回归。桓玄的妹夫尹忠文和他的亲信丹阳尹便饭也劝桓玄趁早接受退位，于是他开始命令手下秘密制作《九锡书命》等各种文书。
为了表示对所有官员的仁慈，提前把他提升到大臣的官位上，为他接受九锡铺平了道路。他罢免了司徒郎恶王司马文德，提拔他为太宰，桓谦为大将军，开府，正史。王米被提升为临时骑手、图书管理员，领导斯图亚特；桓是大臣的阶下；环秀是一个随性的骑手，一个不变的侍者，一个福军的将军。此外，还设立了学术官员，负责教授200多名二级或以上官员的子女。接着又加诏，封自己为郭襄，宗白渠，封南郡、南平、益都、天门、零陵、杨颖、桂阳、衡阳、益阳、建平等十郡为楚王，统领平西将军。其原职豫州刺史不变，加九听，暗示晋安帝司马德宗在正殿正式发函。
晋献帝司马德宗不得不服从。司马颁布圣旨后，桓玄一再辞职。司马德宗没办法，只好发布一道诏书，命令官员劝说郭襄回府。桓玄在剧院的表演几近完成，才如愿以偿的接受了他父亲从未得到的九霄之命。然后，桓玄让父亲桓温做楚王，母亲南康公主做楚后。任命平西将军、常侍刘瑾为楚国大臣，刁逵为楚国领袖，王绣为楚国太守，尹忠文为楚国左将军，皇甫府为楚国右将军等。，任命了60多名楚国官员。桓玄革除了天将军和豫州刺史，把以前所有的文武官员都安置在郭襄府下的天将军府。
桓玄在击败司马原宪一年半后，得到了九玺的礼物。此时，荆州刺史韦欢刚刚去世，而桓世康尚未到任。南阳太守，新野人，原籍殷仲堪。当他听说桓玄已经接受了九溪的消息，他认为这是一个养兵对付桓玄的好机会，于是率军南下，突袭襄阳。周勇刺时风应败，弃城而逃。有7000人服用过。他在襄阳南部设盟坛，祭奠司马先祖，宣布讨伐桓玄，引起江陵一片恐慌。华南校尉余斌、安溪将军杨道虎、江安县知县邓祥子，三人密谋迎接荀彧。幸而桓世康很快到了江陵，在江陵与南蛮校尉杨僧寿一起率军北上攻打襄阳。他的军队不战而溃，宇易本人逃到后秦，于彬等人被乱军杀死。
此时，被流放到长沙的桓玄二哥桓姬的儿子梁欢，也以讨伐为名，在洛县(湖南湘阴)起兵。桓温死后，桓姬与长兄桓Xi密谋杀害叔父桓冲，但被桓冲废黜。桓冲立桓玄为桓温太子。对桓玄来说，虽然桓奇是他的兄弟，但他有利益冲突。梁欢也想借此机会翻一下咸鱼。他自称平南将军，襄州刺史。向涛延寿(陶渊明之子、陶侃的曾孙)被捕，是因为梁欢趁乱打劫。桓玄下令将梁欢流放到衡阳，并杀死了他的帮凶桓骜等人。
荀彧起义和梁欢出兵只是一个小插曲，并没有影响桓玄篡位的步伐。
元兴二年十月，也就是他接受九溪之命后的第二个月，他要求回到自己的楚国。与此同时，桓玄写了一道诏书让皇帝挽留自己，并让皇宫的使者代替皇帝去宣布。不久，桓玄坚持再次回国，随后他建议晋安皇帝亲自写“手书”挽留自己。
为了给篡位者增添一份祥和的气氛，桓玄开始制造吉兆，宣布钱塘临平湖已满。临平湖现在淤塞了，只剩下一条小河。魏晋时期，临平湖很神奇。当时有预言说:“湖枯天下乱，湖溢天下平。”东汉末年，湖水干涸。吴栋孙皓统治时期，湖水突然泛滥，史称“开湖”。结果西晋统一了。到南北朝末期，陈朝的时候，湖水又泛滥了，隋朝统一了。桓玄此举也是为了应景，他让百官入朝祝贺。接着，桓玄又以司马德宗皇帝的口吻夸赞自己:“吉祥的事不是我敢听的。这都是丞相桓玄的功劳。所以，吉祥的东西就在前一天降下来了。从此天下太平，全世界欢庆。我内心充满了难以言表的喜悦和激动！”
元二年十一月，桓玄开始穿皇帝专属的服饰，用的是皇帝专用的礼乐。称楚妃为楚王后，太子成了太子。11月18日，卞繁植写了禅位圣旨，让晋安皇帝司马的侄子司马宝欺负司马亲自抄写，顺便得到了国家的玉玺。十一月二十一日，司马到大雄宝殿，命、司徒传旨与桓玄。起初，桓玄很不安，担心司马德宗不会亲自写信，也担心他得不到圣旨。谁知道宣布退位的时候玉玺已经在桓玄一方手里了？桓玄得知后喜出望外。
同月二十三日，司马德宗搬出皇宫，下榻皇城外的永安宫。
次日，朝廷将皇城内供奉的帝王牌位移至琅邪国，晋、穆皇后何与邪王司马搬进司徒府。
后来，晋朝官员从建康来到古蜀，劝说桓玄接受退位。桓玄沉溺于内心的喜悦，假装退让，群臣再三催促。桓玄终于接受了。
12月1日，桓玄下令在固戍以南的九景山北麓修建高台。
10月3日，35岁的桓玄举行祭天仪式，正式登基。由于疏忽，没有官员在仪式上写下居所开始的笔记，文告也忘了对桓玄说“万岁”，还保留了晋安皇帝司马德宗的名字禁忌。即位仪式结束后，桓玄宣布大赦，给所有市民二等功，三等功表彰孝顺和辛勤耕作，并给每个单身老人五个迎宾粮。尚书右王乘有知看了圣旨草稿后说:“谏诤是赵王司马伦用的爵位，不吉利。”改成永远。其实永世是王莽在位时的称号。
桓玄即位后，立晋安皇帝司马德宗为平谷王，南康县平谷郡为晋安皇帝的封地，将司马德宗迁到浔阳(江西九江)。晋穆帝何皇后被任命为零陵国君，邪王司马被任命为石羊郡公，武陵王司马尊被任命为彭泽郡公。尊其父桓温为宣武皇帝，庙号太庙，墓号桓温为永崇陵，南康公主司马南星为宣皇后。
从此，桓玄的楚国取代了东晋。
