《素衣9》的主要情节是主人公阿特鲁在7代的故事后前往监狱城继续冒险，不料遭到罗蒙帝国星际骑士的骚扰和囚禁，随后卷入当地特殊的外星人灾难——怪人之夜。为了解决怪人之夜，Atru和所有的怪人成为伙伴，一步一步相遇相知，从被怪人的皮囊分开到互相理解帮助，暂时成功解决了怪人之夜的周期性爆发。
在这个过程中，往往会出现狱中的Atru和外界行动的Atru相互切换的情况。与此同时，星雕骑士团变得更加诡异，连副团长都被空秘密处死。这些奇怪的现象为随后的情节埋下了巨大的伏笔。
故事推进到主线的第7、8章，剧情开始病毒式传播。之所以星雕骑士团的行为如此怪异，是因为罗蒙帝国被欺骗了。对于这个计划，背后的主谋佐拉早就安排好了大规模渗透自己的炼金术人造人。即使是监狱外玩家控制的Atru也是人造人(每当玩家操纵人造Atru的时候，就是真正的Atru在监狱里睡着的时候，反之亦然)。
女主角阿普·莉莉斯被背刺失去了记忆。这时，真Atru回来了。与此同时，阿普·莉莉斯伪造了她的尸体，并解释了整个故事。这一切都起源于这个地区500年前被诅咒的怪人之夜。现在，领导小组所持有的怪人外貌，是与阿普·莉莉斯和黑幕·左拉一起对抗怪人之夜的六英雄形象。然而两人都没能成功对抗怪人之夜，导致女主角和左拉走上了两条截然相反的道路。
仿植物怪兽佐拉的最终目的是试图利用阿特鲁的记忆和经验(阿特鲁在冒险中遇到了很多神和远古怪物)，结合怪人之夜魔法最强的时候，制造一个可以终结怪人之夜的人造神。佐拉也确实成功了。他成功地用主人公阿特鲁的外貌和记忆创造了一个人造神，但这个人造神并不认同左拉的阻止怪人之夜的想法。他认为只有让整个监狱城区消失，才能彻底阻止怪人之夜，所以他要杀死在场的所有人，毁掉整个区域。
但是在男主角和众多伙伴的帮助下，打败了人造神，但是怪人之夜却没有解决。因此，在佐拉的技术帮助下，他们都创造了一系列Atru在冒险途中遇到过的神(都是在之前系列游戏中出现过的人物)，并在他们的帮助下成功的引爆了《怪人之夜》的概念核心，完美的解决了事件。
最后，主人公告别了伙伴，踏上了新的冒险旅程。
