《红楼梦》中秦钟的出场非常突出。他天生皮肤很白，嘴唇粉红，眉毛细，看起来像个可爱的小女孩。秦的性格也很腼腆，说话前经常脸红。他出生在一个官宦家庭。因为他是父亲的长子，不仅受宠，父亲对他的期望也很高。秦的父亲花了很多心血把他养大，希望他能成为一个成功的人。因为姐姐秦可卿嫁给了贾府，秦钟从小就围着贾府转。
在贾府，秦钟认识了尼姑智能儿，看对了眼后，两人开始频繁秘密幽会。姐姐秦可卿死后，秦钟作为娘家亲戚，把秦可卿和宝玉一起办了丧事。到了隐寺，秦钟去找智能私会，秦钟却在寺里受凉。当他回到家时，他卧床不起。智能儿担心自己的病偷偷跑出寺庙去探望秦钟，刚好被秦钟的父亲秦野碰到。作为一个被寄予厚望的父亲，秦钟这种违背伦理的爱情无疑给秦野带来了极大的打击。秦野一气之下，把秦钟拖起来，用棍子打。他生病了，几天后就去世了。秦钟生病受伤，年迈的父亲很生气。他的病情恶化，在拓也之前就去世了。
秦长正走在贾府里，偶然遇见了贾宝玉。宝玉第一次见秦钟就惊呆了，秦钟也觉得宝玉很帅。他们迫不及待地想早一天了解对方。本来宝玉按辈分应该是秦钟的舅舅，但是宝玉的性格总是随心所欲。他只觉得秦钟是个好兄弟，不想以辈分来区分两个人。宝玉坚持要秦钟同意，然后两人一直以兄弟相称。他们两个天天一起进进出出，以至于连同学都觉得两人关系不正常，所以经常在背后说闲话。
我在山头寺的时候，秦钟和智能儿正在屋里缠绵，宝玉抓住我。宝玉叫秦钟跟他算账，最后也没说怎么算账。书中的这一段确实模棱两可，这也是后来红学家争论的焦点。一方面，宝玉本人是个放荡不羁的性子，他与《申报》的男主角男宠也有着别样的关系。另一方面，宝玉和秦钟都有崇拜的女性。如果用断袖来形容他们有失偏颇，那么对他们两个最好的解释应该是双性恋。
红楼梦秦钟，腼腆，但遇到爱情，敢于飞蛾扑火。在那个时候爱上一个修女是违反道德伦理的。但是谈恋爱就是谈恋爱。他和智能儿都表达了心意，选择了恋爱。但是，两人的结局也说明，违背道德伦理的爱情是不会有好下场的。
