土壤污染的主要危害是农作物减产和农产品品质下降；地下水和地表水的污染；影响大气环境质量；危害人体健康。
土壤中一些存活时间长的植物病原菌严重危害植物，造成作物死亡和减产；土壤污染会渗透到地下水和地表水，造成地下水和地表水污染；土壤污染也会通过受污染的农作物和地表水间接危害人类健康。当人类食用被污染的植物和水时，这些有害物质会进入人体，长期储存后不易分解，损伤内脏。
