慈禧不是光绪的生母，两人关系很一般。虽然，在外人看来，光绪对慈禧的言听计从非常尊重。如果是，那慈禧为什么要杀光绪？杀光绪只是为了政治斗争吗？实际上，慈禧在戊戌变法后就杀了光绪，希望尽快杀了他。
当时有一种说法，康有为等人计划调动袁世凯的军队包围颐和园，然后借机劫持慈禧，甚至取她的性命，从而推动变法。当然，这种说法没有得到证实，也有可能是清廷故意放的烟雾弹。然而，大约二十年前，杨天生在日本的一本书里发现了一些文献。这本书的作者是毕永年，是谭嗣同的密友，也是维新派的重要成员。
毕永年在书中清楚地描述了百日维新时期，也就是当年七八月份，他在北京的所见所闻。书中谈到:谭嗣同邀请毕永年担任包抄颐和园活动的总指挥，预谋杀害慈禧。后来变法失败，毕永年逃到日本，才真相大白。袁世凯告密之前，清廷只说要抓康有为和康任光，没说要抓谭嗣同。
谭嗣同把自己的计划告诉了袁世凯，要他配合自己包抄颐和园，劫持慈禧。袁世凯告密后，过了好几天谭嗣同才被捕，慈禧才知道最后 黑手 是谁呀？慈禧认为:这是深仇大恨，所以 戊戌六君子 他们没有一个幸福的结局。被捕后，这些人在几天内被残忍杀害。清朝杀人虽然有一定的程序，但是戊戌六君子的死刑是慈禧的一句话。
按说清政府的杀人行为是需要皇帝批准的，尤其是一个秋审。任何人想杀人，都需要经过皇帝一个一个的审查，才能决定谁生谁死。皇帝通过在纸上划一个勾来决定他的生死。六君子显然没有走这个程序。被捕后，他们甚至没有询问就被立即杀害。慈禧紧急处理。从这里不难看出慈禧对这些人的痛恨。在与光绪的政治斗争中，慈禧不允许自己吃亏，只是一味地下手。
1898年的政变是慈禧太后一生中发动的第三次宫廷政变:第一次是在1861年11月，同恭亲王奏？发动心有政变；第二次是1884年4月，诏书解除了以恭亲王为首的军事部门的所有成员，代之以淳亲王。最后一次，光绪皇帝完全失去了人身自由，被软禁在中南海瀛台。可以说，这三次政变都是以慈禧太后的胜利而告终，都让她的政治野心听政。
戊戌变法后，慈禧知道光绪皇帝是戊戌变法的现实 领导 ，已经严重威胁到了自己的生命，你还怎么让他多活。但是，如何摆脱光绪呢？慈禧有这样一个散布谣言的计划:她很快颁布了一道圣旨 广招全国名医入宫为皇帝治病 。圣旨是慈禧以光绪皇帝的名义发布的。她谎称天皇自4月以来身体一直不好，而且越来越差。
可以说，这次招募名医进京，名义上是治病，实际上是给皇帝抹黑扰乱人心。虽然是光绪自己提出来的，但是一旦威胁到慈禧的生命和利益，就要赶紧消除。慈禧打算罢免光绪，重新立一个新的傀儡当皇帝。慈禧因散步而病重的谣言引起轩然大波。慈禧王在义的儿子溥娟被立为大哥，也就是皇太子，派人把溥娟接进宫里做接班人，随时准备登基。
慈禧为 战胜 舆论，假装请教礼仪，刘琨相信是怕不知道世人会怎么说。洋人也会介入，请医生诊断光绪。外国人也知道慈禧的意思，但不同意废黜光绪。他们自然不会和慈禧合作。法国医生给光绪确诊后，说他身体很好，让慈禧很为难。后来她打算用义和团来杀洋人，也是这个时候留下的 隐患 。
光绪的身体确实不好，但又不能不明原因的死去，所以根本无法解释。于是慈禧继续在全国招募名医，制造舆论压力，说:目前光绪病重，也是光绪的未来 死了 谎言铺平了道路。但是慈禧的方案失败了，因为那时候慈禧已经不是一个人掌权了，光绪皇帝还有一些 动力 ，当地的势力也在逐渐增强。
尤其是太平天国以后，地方诸侯权力增大，杀皇帝都要征求他们的意见。慈禧的行为引起了新商人的强烈反对，洋人也不赞同慈禧废帝。后来医生给光绪诊病开药，慈禧会派人监护。医生开的药都是补药，慈禧对医生不满。后来有史家研究清廷的档案药方，恐怕很多都是在慈禧的影响下胡乱写的，其中就有一些不准确的药方。
光绪三十四年冬，光绪皇帝病重，慈禧太后下令将溥仪养在宫中。11月14日，光绪去世，享年38岁，慈禧下令溥仪继承帝制。后人对光绪的死因仍有推测，是否是慈禧的，目前没有准确的说法。但光绪在慈禧去世的前一天去世，总让人想到她为什么要这么做。相信随着历史学家的不断研究，真相迟早会大白于天下。
