根据《城乡规划法》的规定，在城市、镇规划区内建设建筑物、构筑物、道路、管线等工程的，建设单位或者个人应当向市、县人民政府或者省、自治区、直辖市人民政府指定的镇人民政府城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。我国法律明确规定，拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑不予补偿。这一规定有效地遏制了违法建筑的存在和蔓延，保护了开发建设单位的利益。但在实践中，行政机关和人民法院往往忽视对房屋的认定，直接以被执行人有无房屋执照作为界定违法建筑的依据，即所有无证房屋均视为违法建筑。事实上，是否为公民合法财产的认定，必须以国家相关法律为依据。根据《城乡规划法》的规定，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门或者乡、镇人民政府分别是处理城市、乡、村违法建筑的行政主管部门。他们有处理违章建筑的行政强制权，当然也是违章建筑的确认机关。即使是人民法院，在审理和执行案件的过程中，也无权确认违法建筑的性质。
我国《行政处罚法》第四条规定:“行政处罚遵循公正、公开的原则。设定和实施行政处罚必须以事实为依据，与违法行为的事实、性质、情节和社会危害程度相当。”违法建筑的认定要考虑实体法和程序法两方面的规定。
(1)以实体法为基础
实体法和程序法是根据法律内容划分的结果。法律对人的行为的调整是通过设定权利和义务来实现的，权利和义务是法律的内容。有实体权利义务的法是实体法，有程序权利义务的法是程序法。
从实体法角度看，目前，地方各级政府部门界定违法建筑的主要法律依据是《城乡规划法》和《土地管理法》。从属性上看，建筑必须有土地支撑，没有土地建筑就无法存在。土地管理法加强对土地用途的控制，可以有效限制违法建筑。从违法问题的严重程度来看，城市的违法建筑确实比其他地方更突出，大多数违法建筑都可以依据《城乡规划法》进行处理。然而，仅由《城乡规划法》和《土地管理法》界定的违法建筑适用范围较窄。其实我国法律对违章建筑的限制很多，范围也很广。
为了合理开发、利用和保护水资源，防治水害，《水法》第二十四条规定:“未经有关主管部门批准，不得在河床、洪泛区内修建建筑物”；为了加强公路的建设和管理，促进公路的发展，《公路法》第五十六条规定“禁止在公路两侧的建筑控制区内修建建筑物和地面构筑物”。此外，铁路法第46条、民航空法第58条、文物保护法第11条、环境保护法第18条、港口法第45条、防洪法第27条等。，从不同角度对相关建筑物、构筑物的建设进行限制。相关职能部门在界定违法建筑时，必须充分考虑上述实体法。
(2)以程序法为基础
程序法是实现实体法目的的手段和方法。程序法和实体法同样具有“独立价值”。法定建设程序是加强建设管理的重要手段，其目的是约束和引导建筑物符合城乡建设规划。所以违章建筑的界定也要结合法律对建筑程序的规定。
目前我国关于建筑施工程序的规定有建筑法、城乡规划法、国务院颁布的《村镇规划建设条例》、建设部颁布的《镇规划建设办法》等法律法规和规章。其中，《城乡规划法》第三十七条第一款规定:“城市、镇规划区内以划拨方式提供国有土地使用权的建设项目，经有关部门批准、核准、备案后，建设单位应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门申请办理建设用地规划许可证， 市、县人民政府城乡规划主管部门应当核实建设用地的位置、面积和许可建设范围，核发建设用地规划许可证”。 第三十八条第一款规定:“城市、镇规划区内以出让方式提供国有土地使用权的，在国有土地使用权出让前，城市、县人民政府城乡规划主管部门应当依据控制性详细规划，提出出让土地的位置、使用性质、开发强度等规划条件，作为国有土地使用权出让合同的组成部分。未确定规划条件的，国有土地使用权不得转让”。第二款规定:“以出让方式取得国有土地使用权的建设项目，在签订国有土地出让合同后，建设单位应当持建设项目批准、核准、备案文件和国有土地使用权出让合同，到市、县人民政府城乡规划主管部门取得建设用地规划许可证”。第三十九条规定:“未将规划条件纳入国有土地使用权出让合同的，国有土地使用权出让合同无效；未取得建设用地规划许可证的建设单位批准用地的，县级以上人民政府应当撤销相关批准文件；占用土地的，应当及时归还；给当事人造成损失的，应当依法赔偿”。第四十条第一款规定:“在城市、镇规划区内建设建筑物、构筑物、道路、管线等工程的，建设单位或者个人应当向市、县人民政府或者省、自治区、直辖市人民政府指定的镇人民政府城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。”第三款规定:“申请建设工程规划许可证，应当提交土地使用的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。需要建设单位编制详细施工方案的建设项目，还应当提交。对符合控制性详细规划和规划条件的，市、县人民政府或者省、自治区、直辖市人民政府城乡规划主管部门应当核发建设工程规划许可证”。第三款规定“市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府指定的镇人民政府应当依法公布经批准的修建性详细规划和建设工程设计方案总平面图。”
