文昌鱼是低于鱼类的海洋动物，本质上属于古老的脊索动物。文昌鱼有2属12种，又称“鳄虫”、“蛞蝓鱼”。它们体型很小，只有3厘米到6厘米长，身体半透明，头尾锋利，外表精致透明。文昌鱼看起来像一种鱼，但它的身体结构和各种生理功能与真鱼有很大不同。
动物学家曾经把鱼定义为一种一生生活在水中，用腮呼吸，用鳍运动的变温脊椎动物。
文昌鱼是一种小型海洋动物，生活在温暖的热带海滩上。白天它很少活动，喜欢把身体埋在沙子里，只露出前端。晚上，它离开海滩，在浅水区游泳。当它受到惊吓时，它迅速把自己埋在沙子里以躲避敌人的伤害。文昌鱼分布在中国青岛和厦门沿海。
文昌鱼半透明，乳白色，侧平，纺锤形，一般长约50mm，看起来像一条漂亮的小鱼。但它不是真正的鱼，只是鱼的远祖。
动物学家曾经把鱼定义为一种一生生活在水中，用腮呼吸，用鳍运动的变温脊椎动物。
虽然文昌鱼一生都在水中度过，通过鳃呼吸，体温也随着水温的变化而变化，但支撑其全身的是一种原始的、不分节的脊索，而不是椎骨。它也有背鳍、尾鳍和臀鳍，但没有胸鳍和腹鳍。背鳍和尾鳍主要起平衡作用，与自身运动关系不大。所以它们行动自如的能力不强，只能在水中随波逐流。而鱼类除了背鳍等平衡器官外，还有成对的胸鳍和腹鳍，相当于高等动物的四肢。有了这些鳍，它们可以在水中游泳。
文昌鱼的嘴是身体前端腹侧的一个小圆孔，周围有触须保护，防止粗糙的物体落入口中。当水进入它的小圆嘴时，它吸收水中的浮游生物来填饱肚子。与文昌鱼相比，这种鱼的嘴要复杂得多，有可以上下咬合的下颚，大大增强了鱼类的捕食能力。
文昌鱼没有头和心脏，只有一条可收缩的腹部动脉，驱使血液从后向前流动，血液无色。鱼的心脏有一个心室和一个心房，全身布满红色的血液，可以携带丰富的氧气和营养物质，从而加快身体的血液循环，使新陈代谢更加旺盛。
这样看来，文昌鱼看起来像鱼，但身体结构和各种生理功能与真鱼大相径庭。因此，它不是一条真正的鱼。
虽然文昌鱼不能归入鱼类，但它是鱼类的远祖，是无脊椎动物向脊椎动物的过渡类型，在动物进化史上占有极其重要的地位。在中国福建厦门，厦门大学与国家海洋局联合建立了研究机构，对文昌鱼进行专项研究。
