具有亚显微结构的细胞器包括核膜、细胞膜、内质网膜、中心体、核糖体、微体、微管和微丝。
细胞膜、核膜和内质网膜的厚度以及核糖体、中心体、微管和微丝的直径都小于0.2微米,所以这些细胞结构根本无法用普通光学显微镜观察到。如果要观察这些细胞的各种亚显微结构,就必须使用分辨率更高的电子显微镜,其中电子显微镜的分辨率为0.2nm,可以放大几千倍、几万倍、几十万倍。因此,在电子显微镜下可以观察到的细胞结构变成了亚显微结构。