一时间，日本人开始热衷于探讨日本人起源的问题，先后有「外族说」、「神工说」、「先住民说」、「二重起源说」等说法。
不过，人类学家们有一点共识，那就是日本人是迁徙来的。但日本人是从哪里迁徙来的，却至今存在争议。
学者认为，在第四纪最后的大冰期间，因为海平面下降，日本海与太平洋西岸的大陆架裸露出来，日本于是便与库页岛、朝鲜、台湾等地相连。这让旧石器时代的双足哺乳类动物族群（如类人猿）沿着天然「陆桥」迁移到了这里。距今一万多年前，海平面上升，淹没大陆架，形成了现在的日本列岛。岛上的原始族群便被留了下来。
只不过，这些早期的原始人类，可能不是一次性迁居到日本，其中可能经历很多过程。有的学者认为，早期日本人来源于亚洲东北部，现在的中国附近，还有学者认为他们来自东南亚。
1975年，美国考古学家克里斯蒂·托纳（Christy.G.Turneer）还为此比对了日本不同种族的原始人类、现代人类与中国人群的牙齿之间的区别。他发现，日本存在着东南亚「巽它型」与「中国型」两种齿形的人群，推断出现代的日本应存在着东南亚人与中国人的双重基因。这就是所谓的「二重起源说」。
日本东京大学人类学教授埴原和郎发展了这一学说，他在期刊论文《日本人起源的二重结构模式》中指出，日本存在两支人群的演化，一支是拥有「巽它型」牙齿，来自东南亚的绳文人，他们最后演变成了现代阿伊努人；另一支是来自亚洲东北部的，拥有「中国型」牙齿的弥生人，他们最终演变成了现代日本人。
日本人是迁徙到日本土地上的，远比秦始皇时期早得多。那么，日本文化是中国带来的吗？
答案也是否定的。
1949年，考古学家在群马县岩宿地区发掘并找到了距今10万年以前的打磨石器，可以设想，在前陶时代，便已有会使用工具的人类居住在日本，但并没有证据。日本发现的人骨化石也很少，较为可信的只有在日本冲绳县港川采石场发现的，距今约14000年-18000年的早期人骨。
考古学家考证出，生活在本州、北九州一带的早期日本人，在公元前约5000年，或者更早的时期，便学会了使用陶。他们制作的陶器装饰上有着复杂的绳状花纹，于是被称为「绳文人」。港川采石场发现的人骨，便是绳文人。
绳文人的头颅长而宽，眉部突出，鼻根深陷但鼻骨凸起，还拥有又低又宽的面部和眼眶，他们四肢骨骼粗壮，身材矮小以渔猎为生。绳文人是目前已知最早的日本民族，从「巽它」齿型可以推断具有一定东南亚血统。
目前绳文人的研究有了新的进展，2019年5月，日本国立科学博物馆等机构研究人员宣布，他们成功解读了绳文人的基因信息，推断绳文人先祖很可能在3万年以前便出现在日本，可能和中国人有着同样的祖先。
绳文文化大约在公元前3世纪被弥生文化所取代。弥生人所制作的陶器最初在东京都的弥生地区被发现，所以这批活跃在公元前3000年-300年前后的原始人类被称为「弥生人」。
弥生人分为两支，一支是绳文人演化而来的弥生人，一支是「渡来系」弥生人。渡来系的弥生人显然具有蒙古血统，他们的面部十分平坦，眉骨、鼻根并不突出，眼眶圆而高，身材较绳文人、阿伊努人相对较高，与现在的朝鲜人、中国人十分相似。
静冈县登吕地区曾挖掘出较为完整的弥生人居留地，弥生人定居在棚屋中，从事农业生产，他们甚至从海外带来了牛和马，能够冶铁制作简单的工具，还使用着青铜器。不难看出，弥生人很早便吸取了更为先进的海湾文化，收为己用。
「绳文文化没有给以后日本的生活方式留下任何重要的东西便销声匿迹······弥生人则完全不同，就他们的体格和文化而言，更明显地像日本人的祖先。」
我们还不知道弥生人和早期的绳文人，还有其他土著居民是是如何融合的，不过，在弥生世代后，日本形成了统一的民族。
日本人究竟来自东亚大陆，还是东南亚大陆，或是亚洲其他地区，现在仍无定论。可以肯定的是，日本人绝非徐福的后代。■
日本祖先来自何方？一般认为，除了日本原住民外，古代蒙古人、
朝鲜人、中国人也曾飘洋过海从大陆来到日本。中国秦代徐福奉秦始
皇之命率3千童男童女到蓬莱寻找长生不老药，最后在日本扎根繁衍的
故事，在中国和日本家喻户晓。至今也有些日本人声称自己是徐福所
率3千童男童女的后代。尽管这一美丽的传说有待进一步证实，但随着
考古和人类研究的进展，日本祖先来自何方的问题越来越清晰。
据日本《产经新闻》称，现代日本人基本分为两种，即“弥生人
型”和“绳文人型”（弥生人和绳文人均为日本对日本原始人的称呼）。
弥生人的特点是，脸型较长且较扁平，单眼皮，长眉毛，身材较高。
绳文人的特点是，四方脸或圆脸，棱角明显，双眼皮，身材较矮，血
型一般为B型。《产经新闻》称，日本著名演员泽口靖子、齐藤由贵等
具有绳文人的特点，而岩下志麻、铃木美奈保等则有弥生人的特点。
据日本一些科学家分析，65％的日本人的DNA属弥生人，35％属绳文人。
迄今为止，日本通过考古认为，从日本九州弥生遗址出土的人类遗骨，
脸长、颧骨高，是来自中国、朝鲜的外来弥生人。
最近，中日两国通过合作考古，对日本祖先弥生人的来源又有了
新的发现。
1996年，由中日两国考古学者组成的“江南人骨中日联合调查团”
对江苏省出土的60个人头骨、大腿骨和牙齿进行了考古研究。这些遗
骨中，有28个属中国新石器时代，17个为春秋战国时代，15个属前汉
时代。通过从牙齿中提取DNA，与日本九州地区的福冈县、山口县出土
的古代人骨进行比较。结果发现，中国新古器时代的人类遗骨与日本
古代人完全不同。而春秋战国和前汉时代的人骨与日本的原始弥生人
骨极为相似。江苏省徐州郊区的“梁王城遗址”出土的人骨中的DNA与
日本福冈县出土的弥生人骨中的DNA完全一致，估计他们在十几代前为
同一祖先。通过对大腿骨的测量，中国江南人的骨骼长度与日本九州
弥生人骨骼长度基本一致，鼻梁至前牙的距离也相同。这次的考古发
现，将为日本寻根问祖提供新的线索，日本外来弥生人不仅来自朝鲜
和中国华北，而且中国江南人也可能是日本外来弥生人之一。
对中国江南人是如何到日本的问题，日本专家之间有不同意见。
一种意见认为，是直接坐船到日本的。奈良县考古研究所桶口隆康所
长认为，2500年前，正是中国春秋战国时代，群雄争霸，战乱不断。
江南地区是中国最富庶的地方，而且当地人民已掌握航海术。为躲避
战争，江南人带着稻种坐船逃到日本。因为有了稻种就可以生产和生
活。中国江南人的到来，把水稻种植技术也带到了日本。他们到日本
后选择了九州北部地区，因为这一带的气候与中国江南相似，适合种
水稻。另一种意见是，江南人是通过朝鲜半岛到日本的。滋贺县大学
教授菅谷文则认为，中国江南人从南部来到山东，渡过渤海湾到朝鲜，
然后再到日本。山口县出土的遗骨与山东省出土的遗骨极为相似就说
明了这一点。尽管日本学者对弥生人起源何处有争论，但有一点是共
同的，那就是他们都不否认日本古代弥生人有一部分是从中国来的。
