1636年丙子（明崇祯九年，朝鲜仁祖十四年，后金崇德元年），皇太极正式由汗改称皇帝，改国号大清，族名满洲。他事先将此事通报朝鲜，希望朝鲜参与劝进。朝鲜闻讯大哗，积累近10年的憎恶、羞辱情绪一并迸发。朝鲜臣僚纷纷痛切陈词，“使彼虏得知我国之所秉守，不可以干纪乱常之事有所犯焉。则虽以国毙，可以有辞于天下后世也”。在一片慷慨激昂的气氛下，仁祖拒不接见后金使团，不接受其来书。后金使团愤然离开汉城，沿途百姓“观者塞路，顽童或掷瓦砾以辱之”。该年四月，皇太极在沈阳正式举行称帝大典，朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。皇太极非常气愤，认为这是朝鲜国王有意构怨，决定举兵再征朝鲜。该年十二月二日，皇太极亲自统帅十万大军亲征朝鲜。清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南，仅仅十二天便抵达王京城下。京畿之内“上下惶惶，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”。仁祖再次将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难，自己则率领文武百官退守南汉山城等待各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判，拖延时间。朝鲜请和书中写道“朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣皇帝：小邦获戾大国，自速兵祸，栖身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图自新，则小邦之洗心从事，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期而已”云云。皇太极见朝鲜君臣求和之切，毫无斗志，乃对其迫降，下令清军包围南汉山城，伐木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只有坐困孤城。仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不禁长叹。清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则复书“重围未解，帝怒方盛”，所以不能出城请降，“古人有城上拜天子者，盖以礼有不可废，而兵威亦可怕也……”。见朝鲜方面还在纠缠于出城投降的细节，不耐烦的皇太极下令用火炮攻城，同时清军又攻占了江华岛，俘虏王妃、王子、宗室76人，消息传来，见大势已去，仁祖只好求和。1637年正月三十日，仁祖率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，伏地请罪。皇太极降旨赦之。双方筑坛盟誓，朝鲜去明年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝正朔，定时贡献，并送质子二人。此外，朝鲜朝廷中主战最坚决的洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军索要，在沈阳就义，号称“三学士”。此役为朝鲜历史上著名的“丙子胡乱”。清朝班师途中顺势攻陷皮岛，拔除了明朝在辽东沿海的最后一颗钉子。
丙子胡乱一般指丙子之役
丙子之役是指1637年1月至2月（丙子年十二月至丁丑年正月）清朝攻打朝鲜王朝的战争。朝鲜半岛历史上称之为“丙子胡乱”或“丙子虏乱”，又因跨越丙子、丁丑两年，合称“丙丁虏乱”。
丁卯之役后，后金与朝鲜确立了“兄弟之国”的关系。1636年（明崇祯九年，清崇德元年）后金大汗皇太极自称皇帝，国号大清，朝鲜拒绝承认，两国矛盾升级，引发皇太极统帅大军亲征朝鲜。清军渡鸭绿江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱南下，直抵朝鲜首都汉城（今韩国首尔）。
朝鲜国王仁祖李倧逃至南汉山城，被围四十余日后出城投降，在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼。此后朝鲜断绝与明朝的宗藩关系，成为清朝的藩属国，随即清军在朝鲜军的配合下发动皮岛海战，夺取明军据点皮岛，丙子之役的余波至此告终。
清朝通过丙子之役解除了自己的后顾之忧，粉碎了明朝的东江防线，既控制了朝鲜，又削弱了明朝。朝鲜则视之为奇耻大辱，尽管被迫臣服，内心仍敌视和鄙视清朝。
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丙子之役的影响：
政治上，清朝与朝鲜从“平等”的兄弟关系变为君臣关系，朝鲜自此断绝同明朝的宗藩关系，成为清朝的藩属国，直到250多年后的甲午中日战争为止。随着朝鲜臣服清朝及明朝东江镇的崩溃，清朝彻底扭转了建国以来三面受敌的不利局面，反而对明朝京师构筑起包围网，明清力量对比进一步向清朝倾斜。
皇太极在丙子之役后得意地对明将沈志祥宣布：“蒙天眷佑，朝鲜已平，蒙古、瓦尔喀诸国皆附，今所存者， 止明国而已”（此外还有黑龙江流域的索伦诸部尚未完全臣服，但对明清关系没有影响，后皇太极通过索伦之役平定）。可见丙子之役使皇太极向一统天下的大业迈进一大步。
