靖南之战胜利后，朱迪继承了侄子朱允炆的王位，并将都城从南京迁至北京，南京作为首都继续存在。
朱迪在南京设有六部:官、户、礼、兵、刑、工。同时继续设置都察院、总政治部、五军都察院、翰林院、国子监等机构。官员的级别与首都相同。北京政府是顺天府，南京政府是应天府，合称第二届北京政府。设立应天府的主要原因是争取南方士人和文健旧臣，同时表明他们的正统地位和对朱元璋的尊重。
虽然南京六部的权力远不如北京六部，但南京六部也有一定的职权。主要是因为南京所在的南直隶地区下辖十五个州和三个直隶州，相当于现在的江苏、安徽三省和上海，却没有布政司、稽核署、京师指挥所三个司。原来三司的职权由南京六部行使，其中以南京户部和南京兵部的权力最大。
南京户部负责征收南直隶和浙江、江西、湖广两省的赋税和粮食，以及漕运和全国盐调勘。
南京兵部负责南京驻军，南京49卫全部归南京兵部尚书指挥。南京兵部史(著名心理学家王阳明曾任南京兵部史)一般都有“参赞维护”的头衔，与镇守太监、南京守备官共同管理南京的一切事务。
南京吏部负责南京官员的六年京察考核，北京吏部不得干涉。
南京刑部负责南京师部、公厚伯府、精卫所等刑名。
南京工部负责南京及附近省份的土木工程、水利工程、机器制造工程，还负责制造南京住建部印制的引盐、勘测用铜板。
南京礼部负责南直隶、学校、科举等全部仪式事务。
所以南京六大实权的大小相对于北京六大来说。北京六主全国的重要军政，南京六主只是南直隶的军政。南京有实权的有三个人:太监护卫、南京守备、参赞机务部(兼任南京兵部尚书)。
南京六部的官员和京城六部一样，日常都要办公，六部衙门里也有人值班。衙门领导需要定期向北京汇报。至于打官司，素质不高的北京官员肯定不用打官司。
南京六部最大的作用就是留下一套预备队作为退路。北京是首都，南京是首都，也是备用首都。北京一旦有事，首都随时可以迁回南京。朱祁镇被俘后，官员们主张迁都南京，幸好被于谦阻止了。明末崇祯死后，北方沦陷，斧王、朱友松等人利用南京的预备队，在南明建立了小朝廷。可惜其内部批判严重，浪费了南京的巨大资源。
