国家卫生委员会有以下内设机构:1 .办公厅。负责机关日常运行，承担安全、保密、信访、政务公开等工作。2.人事部。拟订卫生专业人才发展政策，承担机关和直属单位人事管理、机构编制和队伍建设，负责卫生专业人才资格管理。3.规划发展与信息技术部。
承担健康中国战略协调推进工作，组织制定卫生事业发展中长期规划，指导卫生服务体系和信息化建设，组织开展爱国卫生运动和卫生统计。带头执行《烟草控制框架公约》。4.财务部。承担机关和预算管理单位的预决算、财务、资产管理和内部审计工作。
5.法规司。组织起草法律法规、规章和标准草案，承担规范性文件的合法性审查，承担行政复议、行政诉讼等工作。6.机构改革司。承担深化医药卫生体制改革的具体工作，研究提出深化医药卫生体制改革的重大方针、政策和措施建议，承担组织推进公立医院综合改革工作。
7.疾病控制和预防局。制定重大疾病防控规划、国家免疫规划、严重危害人民健康的公共卫生问题干预措施并组织实施，完善疾病防控体系，承担传染病信息发布工作。8.医疗和医院管理局。拟订医疗机构和医务人员、医疗技术应用、医疗质量安全、医疗服务、采供血机构管理、职业道德建设等方面的政策、规范和标准，并监督实施，承担促进护理康复事业发展的任务。
制定公立医院运行监管、绩效评价和考核制度。9.初级保健部。拟订初级卫生保健政策、标准和规范并组织实施，指导初级卫生保健服务体系建设和乡村医生相关管理工作。10.卫生应急办公室(突发公共卫生事件应急指挥中心)。承担卫生应急和紧急医疗救援工作，组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作。
指导卫生应急体系和能力建设。发布突发公共卫生事件应急信息。11.科技教育司。制定卫生科技发展规划和相关政策并组织实施。承担实验室生物安全监管。组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育，协调指导医学院校教育工作。12.监督总局。
承担公共卫生、医疗卫生监督，查处医疗服务市场违法行为。组织学校卫生、公共卫生、饮用水卫生和传染病防治的监督检查。完善综合监管体系，引导和规范执法。13.药物政策和基本药物系统司。完善国家基本药物制度，组织制定国家药物政策和基本药物目录。
开展用药监测、临床综合评价和药品短缺预警。对国家基本药物目录中的药品价格政策和鼓励、支持药品生产的政策提出建议。14.食品安全标准、监测和评估部。制定食品安全国家标准，开展食品安全风险监测、评估和沟通，承担食品原料新品种、食品添加剂新品种和食品相关产品新品种的安全性审查。
15.老年健康部。组织协调实施应对老龄化的政策措施。制定医养结合的政策、标准和规范，建立健全老年健康服务体系。承担全国老龄工作委员会的具体工作。16.妇幼保健部。制定妇幼卫生政策、标准和规范，推进妇幼卫生服务体系建设，指导妇幼保健、出生缺陷防治、婴儿早期发育、人类辅助生殖技术管理和生殖技术服务。
17.职业健康处。制定职业卫生和放射卫生相关政策和标准并组织实施。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理。协调职业病防治工作。18.人口监测和家庭发展司。承担人口监测预警工作，提出人口与家庭发展相关政策建议，完善生育政策并组织实施，建立健全计划生育特殊家庭扶助制度。
19.宣传部。组织健康宣传、健康教育和健康促进活动，承担健康科学普及、新闻信息发布等工作。20.国际合作部(港澳台办公室)。指导医疗卫生领域的国际交流与合作、对外宣传和对外援助，开展与港澳台的交流与合作，承担机关和直属单位的外事管理工作。
21.卫生局。负责中央保健对象的医疗保健，中央部门有关干部的医疗管理，党和国家重要会议、重大活动的医疗卫生保障。
