一共三次。1690年，康熙二十九年，清军兵分三路。一个路由太子傅权率领，从古北口出发，一个路由太子龚长宁率领，从喜峰口出发，他在钟君。出征才两天，康熙就感冒了。随着病情的加重，康熙不得不留在和屯(今内蒙古正蓝旗南河东黑城子村)指挥战斗。最后清军在乌兰布通击败加尔丹，康熙第一次亲征结束。
第二次亲征是在康熙三十五年，也就是公元1696年康熙三十四年，噶尔丹领兵南下。康熙决定再次使用亲征，还是三路大军。黑龙江一个叫萨布苏的路由将军从东北出发迎击高尔丹，一个叫费延古的路由将军从宁夏出发移到高尔丹后方，挡住他的归程。他仍然坐在钟君，从河北的独石口走出长城。第三军团同意在外蒙古的克鲁伦河会合。
这一次康熙的钟君进步最快，另外两条路由于道路原因落后，导致钟君前进。这时有消息传来，俄罗斯已经出兵援助加尔丹，军队即将到达。他的大臣们建议康熙返回李，以避免损失金钱。
康熙不听，决定继续行军。不久，康熙行军到克鲁伦河畔，与加尔丹隔河对峙。看到加尔丹清军秩序井然，实力强大，天昏地暗，觉得没有取胜的实力，连夜出师，从西边撤退。当康熙渡过克鲁伦河，到达托诺山附近时，加尔丹已经不见了。
苏萨和飞扬谷在康熙的指挥下追击加尔丹。高尔丹边打边退，五天后到达昭摩多。至此，高尔丹的部队折损过半，只剩下一万多人。还没等他站稳脚跟，飞燕谷就杀了他。
费延古把一部分兵力放在山上，骑兵主力藏在树林里，另外派出400名绿营兵与加尔丹交战。战斗打响后，绿营士兵边打边退，试图将加尔丹的主力引入预设阵地并歼灭。高尔丹虽然凶，但谋略实在差。他看到绿营士兵的兵力薄弱，就兴奋起来，不知不觉中了清军的埋伏。
加尔丹率领主力猛扑清军阵地。清军依山防守，抵御加尔丹骑兵的冲击，同时向山上发射火器和弩。一时间，高尔丹死伤无数。
但是高尔丹骑兵真的很强悍，依然不往死里退。费延古抓住机会，让骑兵迂回攻击加尔丹的后方。在清军前后夹击下，强弩之末的高尔丹终于乱了，高尔丹只带了几十个秦冰出了包围圈就逃。康熙第二次亲征结束。
第三次亲征是在康熙三十六年，也就是公元1697年，第二次世界大战结束后，加尔丹的实力已经耗尽。康熙派使者去把他降服了。加尔丹没有跟随，但此时他的领地已经被他的侄子策真阿布坦占领。加尔丹居无定所，到阿尔泰山东麓继续活动。为了彻底消灭噶尔丹，在昭和殿战争的第二年，康熙第三次动用了她的亲征。当康熙的军队到达宁夏时，有消息说加尔丹服毒自杀了。至此，第三次亲征结束。
纵观三次亲征，第一次清军到达内蒙古乌兰布统，康熙本人就在内蒙古的博格和屯。第二次清军到达外蒙古的赵默多(今蒙古乌兰巴托附近的德宗)，康熙本人在外蒙古的托诺山，离乌兰巴托不远；第三次，康熙的军队到达宁夏。
从直线距离来看，康熙第二次亲征最远，到达了今天蒙古的托诺山，位于其首都乌兰巴托的东南方向。康熙的三次亲征也为后来清朝平定准噶尔汗打下了重要基础。
