现存的大熊猫有两个亚种:四川大熊猫和秦岭大熊猫。根据DNA研究,这两种大熊猫亲缘关系很近,但由于嘉陵江的阻隔和人类活动的影响,它们在12000年前就停止了交流。
四川亚种和秦岭亚种在外貌上有很多差异,其中最明显的差异就是毛色。秦岭大熊猫的乳斑和腹毛是棕色的,而四川大熊猫的乳斑是黑色的,腹毛是白色的。