1、设立南书房
为了适应统一事业的完成和君主集权政治的需要，康熙帝亲政后，在宫内设南书房，挑选翰林院学士入值。当值的翰林院学士除陪同皇帝读书写字外，也参与机密，替皇帝草拟谕旨，实际上成为皇帝的机要秘书班子。从此，内阁、议政王大臣会议权力削弱。康熙帝把中枢权力一分为三：内阁、议政王大臣会议和南书房。三者互相制约，最后集权于皇帝手中。
2、大兴文字狱
以满洲贵族为核心的清朝封建地主阶级，在加强暴力统治的同时，也非常重视对人民的精神统治。清朝在思想、文化领域实行专制主义，其范围之广和禁锢程度之深都是空前的。其中最严酷的表现就是大兴文字狱。特别是康熙二年（1663年）发生的庄氏史案，是头一桩著名的文字狱。浙江富商庄廷 ，购得明末学者朱国桢所撰《明史》，请人补写完崇祯及南明部分史实后，署己名刻印成书。由于如实记述了建州女真同明朝的关系，未用后金年号，又以弘光、隆武、永历等年号为正朝。此事被人告发，清廷严加追究，酿成大狱。庄氏家族和为书作序、校补、刻印、销售、藏书等相关人员，被杀的有70多人，发配充军的有数百人，受株连的江南名士达200余人。其时，庄廷 虽已死，但仍被剖棺戮尸，才得以罢休。
康熙五十年（1711年），又有《南山集》案。《南山集》是翰林院编修戴名世所写的一部文集。书中议论南明史事，用了方孝标所著《滇黔纪闻》的内容，亦用了南明诸帝的年号。事情被人告发，戴名世被处斩，方孝标早死，但也被剖棺戮尸，方氏子孙均被充军黑龙江。
南书房行走：皇帝的"机要秘书"
南书房是康熙朝设立的，是康熙皇帝为加强皇权、巩固清朝统治而设置的宫廷御用机要秘书机构，又是他读书学习的书房，也是以他为首的清王朝笼络汉族士人的"木天储才之要地"。
在清史读物和清宫影视作品中，常能见到"南书房行走"这个有点古怪的官名。南书房，是清代翰林在内廷侍候皇帝读书和做机要工作的地方；"南书房行走"，是在南书房里执勤的翰林的称谓。所谓"行走"，是指本来有官职而被派到其他机构中办事；那么，南书房行走，就是指原来有翰林一职，而被派到南书房中去执勤。凡入直南书房的翰林，其正式官衔，称为"南书房翰林"，也叫"南书房行走"。
南书房行走有两个特点：第一，绝大多数是汉人，这是清朝采取的缓和满汉民族矛盾，消除汉族士人反清意识从而使之为清朝服务的政策的具体表现；第二，均为经史、文学、书法、绘画以及自然科学方面出类拔萃的才人学者。
清官署名。在北京故宫乾清宫西南，本康熙帝读书处，俗称南斋。南书房设于康熙十六年（1677年），光绪二十四年（1898年）撤销，是清代皇帝文学侍从值班的地方。清代士人视之为清要之地，能入则以为荣。中国第一历史档案馆藏有《南书房记注》，系为数极少的南书房档案。康熙帝为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画，在乾清宫西南角特辟房舍以待，名南书房。在翰林等官员中，“择词臣才品兼优者”入值，称“南书房行走”。入值者主要陪伴皇帝赋诗撰文，写字作画，有时还秉承皇帝的意旨起草诏令，“撰述谕旨”。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。康熙帝亲政以后，朝廷的权力一则受议政王大臣会议的限制，国家大事需经过王大臣会议，而这些满洲王公贵族地位较高，有时与皇帝意见发生矛盾，皇帝也不得不收回成命；二则内阁在名义上仍是国家最高政务机构，控制着外朝的权力，康熙帝为了把国家大权严密地控制在自己手中，决定以南书房为核心，逐步形成权力中心。雍正朝自军机处建立后，军机大事均归军机处办理，南书房官员不再参预机务，其地位有所下降。但由于入值者常能觐见皇帝，因此仍具有一定地位。南书房亦被长期保留，直至光绪二十四年（1898年）撤销。
南书房相当于现在的行政机构。
南书房是清康熙时的一个重要权力机关。南书房位于乾清宫西南，本为康熙读书处，俗称南斋，是清代皇帝文学侍从值班的地方，被清代士人视为清要之地，以人之为荣。康熙十六年（1677年），康熙为与翰林院学士们研讨学问，吟诗作画，在乾清宫西南角特辟房舍以聚，名南书房。
含义
南书房建立的目的之一是便于康熙帝学习而后发扬中原汉族传统文化，密切与汉族士大夫的联系。作为康熙的政治文化核心和清宫内廷机要秘书机构的南书房，其所起用的翰林都是清一色的汉族士大夫，而且以南人为多。
这充分表明了康熙帝对强势的汉族文化传统渴望了解和迫切把握的政治心态。康熙宣召翰林张英、高士奇入值南书房的第一天，就急切表达了此种深入探究中华政治文化精粹的愿望。
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