一、安全性不同
1、转基因食用油：由干在转基因过程中，可能有不可预见的基因突变，所以食用转基因大豆生产的食用油可能会给人体带危害。
2、非转基因食用油：用天然大豆制作食用油，更安全可靠。
二、原料不同
1、转基因食用油：转基因食物油的原料是转抗除草剂基因或者抗虫基大的转基因作物。
2、非转基因食用油：非转基因食物油的原料是天然的农作物。
三、方式不同
1、转基因指的是利用一定的技术改变生物体的基因遗传物质。
2、非转基因是自然选择出来的个体。
转基因技术是利用现代生物技术，将人们期望的目标基因，经过人工分离、重组后，导入并整合到生物体的基因组中，从而改善生物原有的性状或赋予其新的优良性状。而非转基因是指不含转基因食品或者转基因食品总量低于某个阈值的食品。
转基因技术分类：
1、植物转基因技术
植物转基因技术是采用克隆等方式，在受体细胞中置入外源DNA，代表性的使用方式如载体介导法、DNA直接摄取法。
2、动物转基因技术
显微注射法就是利用玻璃针将DNA注入到动物胚胎细胞核，再将DNA移植到动物体，使其正常发育，是早期常用的动物转基因技术。
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