思路清奇SCI:03.下游通路竟然可以这样找！！

文章来自Cell Death and Disease，俗称“小CDD”，估计有人会问了，“大CDD”是哪家？

——这个问的好，“大CDD”是Cell Death and Differentiation，最近两年已经封神，突破10分大关。据说又出现个“小小CDD”，Cell Death Discovery，就是目前发文想相对比较少，有兴趣的可以关注下。下面言归正传。

参考文献：

FGF21 facilitates autophagy in prostate cancer cells by inhibiting the PI3K-Akt-mTOR signaling pathway

肺腺癌（ADC）是肺癌中最普遍的亚型，占所有病例的46％以上。在分子层面上，ADC的特征是具有复杂的基因组格局。最近的研究集中在深入了解基因组和表观基因组改变的后果以及肿瘤异质性在治疗反应和治疗抵抗中的作用。ADC组织病理学生长模式的分析显示广泛的肿瘤内异质性（ITH）。值得注意的是，尽管在许多情况下发现了多种组织学，但主要的组织形态学生长模式（鳞状，腺泡，乳头状，微乳头状，实体状）具有很高的预后性和预测性。在分子水平上，研究发现驱动程序突变等位基因频率与组织学生长模式之间具有高度相关性。在表观基因组水平上，第一项研究报道了肺ADC中DNA甲基化模式的高肿瘤内异质性。但是，到目前为止，尚未进行ADC中表观基因组学和形态学ITH的比较空间分析。

那么今天我为大家带来这篇文章作者系统地评估了来自七个主要ADC的122个肿瘤的形态生长模式，以评估组织学亚型的空间分布。

（1）患者和样本：作者根据2015年WHO肺癌分类标准（表1），对7位II至IV期ADC患者的肿瘤（n = 27）和非肿瘤（n = 7）组织标本进行了评估。对其中四名患者的六个淋巴结转移进行了类似的评估。病理学家将最大直径的肿瘤切片分为5 x 5 mm的区域并在连续的H&E染色切片上确定每个节段的主要组织学生长模式（定义为百分比最高的模式）。在这七名患者​​中，四名携带KRAS基因突变，三名携带TP53（其中两个是双重突变）。

（2）DNA提取和定量：将来自每个片段的六个连续的未染色的10 µm组织切片去石蜡并用蛋白酶K消化。使用LEV DNA纯化试剂盒进行DNA提取。使用Qubit HS DNA分析确定DNA浓度。

（3）Digital PCR：使用Quantstudio 3D Digital PCR系统利用20 ng模板DNA分析了患者4淋巴结中激活的KRAS G12S突变的存在，并验证了TaqMan SNP基因分型分析。

（4）全局甲基化谱：应用Infinium MethylationEPIC BeadChip 来评估> 866,000 CpG位点的全基因组DNA甲基化水平。在DKFZ基因组学和蛋白质组学核心设施中，对来自恶性和正常肺FFPE组织样本的500ng基因组DNA进行亚硫酸氢盐转化并进行甲基化分析。

（5）DNA甲基化数据分析：使用“minfi”R包处理原始甲基化数据。正常样本的甲基化定义为七个匹配的非肿瘤性肺组织样品的平均甲基化。

（6）基因组注释：通过标准的Illumina Infinium甲基化EPIC BeadChip标准进行CpG注释。

（7）无监督分层聚类：使用肿瘤内甲基化差异最大的10,000个探针的β值，进行甲基化水平的无监督分层聚类。聚类采用欧氏距离和平均连锁作为聚类方法。

（8）拷贝数分析：使用R包“conumee”从甲基化和未甲基化的探针信号强度值得出拷贝数分布图。

（9）系统发生树重建：根据肿瘤内甲基化变异的距离矩阵来推断系统发生的关系。使用具有最大肿瘤内甲基化差异的10,000个探针的Beta值来计算DNA甲基化欧几里德距离矩阵。最后使用R包“ape”来构建系统发生树。

（10）差异甲基化分析：使用线性模型来评估肿瘤和肺肿瘤组织中的甲基化差异。使用PANTHER分类系统对差异甲基化基因进行了GO和KEGG分析。

（11）相关性分析：应用Pearson相关系数来估计基于甲基化的距离。

1  ADC的组织学和表观基因组分析： 为了对组织病理学肿瘤内异质性进行系统表征，作者将7位ADC患者的中央肿瘤切片（表1）解剖为122个肿瘤和34个5 x 5 mm的非肿瘤部分。

靠近转录起始位点（TSSs）的DNA甲基化影响基因活性。为了确定TSS活性，作者将active 和 passive的TSS的甲基化水平与正常肺组织的H3 K4Me3标记进行了比较。结果显示具有K4Me3标记的潜在passive TSS在其TSS周围的1kb区域显示甲基化水平降低，而没有K4Me3标记的位点显示甲基化水平较高（图1 A）。

并且与passive TSS相比，活性（active）位点总体上甲基化水平较低（图1 B）：具有K4Me3标记的active TSS处的CpGs显示平均甲基化水平为005至01，而没有激活组蛋白标记的passive TSS显示平均甲基化水平> 05。接下来作者比较了非肿瘤组织的平均甲基化水平与患者2的两个腺泡，鳞状，乳头状和实心部分的甲基化。揭示了肿瘤内和组织内的异质性（图1C）。

2  DNA甲基化分析揭示了广泛的肿瘤内异质性： 在这一部分作者对不同节段和淋巴结转移之间的DNA甲基化模式进行单独评估，发现DNA甲基化具有广泛的肿瘤内异质性，并通过无监督分层聚类来显示结果（图2A）。此外，对患者所有节段的分析进一步说明了同一肿瘤各节段之间的强烈变异性（图2 B）。

为了将异质性程度放在更广泛的背景下，作者对来自TCGA肺腺癌的33个肿瘤区段的启动子区域和369例患者（366个肿瘤和38个正常样品）的相应位点进行了12601个位点的无监督分层聚类。结果显示这些样本没有形成单独的群集，并且个体内的区段彼此之间的相似性仍然不与来自不同个体的区段相似（图3）。

3  拷贝数变异的异质性： 为了更深入地了解拷贝数变异（CNV）的空间分布，作者基于EPIC阵列数据确定了每个区段的CNV分布图。结果在33个肿瘤区段中的32个中鉴定了具有体细胞拷贝数增减的CNV（图4A）。总体而言，CNV图谱在肿瘤内部比在肿瘤之间更相似。仅患者4的淋巴结转移未显示出具有与匹配的非肿瘤组织相似的特征的CNV。接下来作者基于TCGA数据进一步确定了在肺ADC和潜在的肿瘤驱动CNVs中被鉴定为反复扩增或缺失的基因的拷贝数状态。这项分析表明尽管所有片段均携带至少一个重复扩增或缺失的基因的CNV，却发现了克隆和亚克隆拷贝数得失的片段之间的空间异质性（图4 B）。

4  基于CNV和DNA甲基化数据的生长模式的克隆进化： 为了深入了解ADC的克隆进化并探索淋巴结转移的组织学起源，作者根据DNA甲基化变化和CNV得出的距离矩阵对40个多区域片段进行了系统发育重建。结果作者在表观遗传水平上观察到ADC的分支进化，在原发肿瘤的生长模式之间具有广泛的克隆多样性（图5 A）。甚至同一增长模式的各个部分也显示出分支演化，表明同一模式在不同区域或不同时间点独立出现（图4 B）。为了进一步探索不同肿瘤区域之间的亚克隆关系不受选择性限制或生态位适应的影响，作者对远离调控元件的基因组位点（n = 83,756）进行了相关分析。相关性证实了肿瘤内的亚克隆关系和广泛变化（图5B）。

为了重建组织形态学模式的克隆进化，本研究对27个原发性肿瘤区域，7个匹配的正常组织和7个ADC病例的6个淋巴结转移进行了整体DNA甲基化分析。结果表明，表观基因组特征的广泛变化有助于原发性ADC和淋巴结转移的分子和表型异质性。

16-IF4+:非肿瘤的疾病挖掘 利用WGCNA分析挖掘孕前BMI和新生儿体重的关键基因

18-IF6+:纯生信分析甲基化和基因表达整合鉴定三阴性乳腺癌的预后标志物和药物靶标

19-干细胞、分子靶向治疗和EMT生物过程联合构建多发性脑瘤预后模型

20-基于全基因组分析探索MAPK失调与免疫应答的关系

有些问题看似简单，实则是人艰不拆不知如何回答，而总有那么一些哲学家，面对这些痴呆问题，他一句话吐槽噎死你，而你还会觉得他说得好有道理，竟无言以对

1怎样适度打脸那些经常炫富的人？

  神回复：问他借钱。

2肥胖是一种什么样的感觉？

  神回复：裤子总是先破裆。

3 一个人吃饭是怎么做才显得不寂寞？

  神回复：啃你的饭吧，没人会去注意你的。

4为什么有些女孩说自己不玩社交软件？

  神回复：人家只是不想告诉你她们的ID而已。

5怎么看待女生抱怨 男朋友总是觉得别的男生对我有企图 ？

  神回复：男人太了解男人了！

6有什么简单有效的安慰人的方法？

  神回复：安慰人最有效的办法就是比惨。

7人的长相到底有多重要？

  神回复：三分天注定，七分靠打拼，剩下的九十分全部看长相。

8喜欢上了一个女汉子，该不该表白？

  神回复：老娘拿你当兄弟，你竟然敢上老娘？

9如何提高女朋友的智商？

  神回复：她不喜欢你的时候，智商自然就高起来了。

10朋友的哪些行为让你后来疏远了他？

  神回复：他把精明用在你身上。

11学习那些技能可以提高生活品质？

  神回复：定期扔东西，相信我！

12怎么回答女生问 你为什么对我这么好 ？

  神回复：因为我是你的备胎啊。

13入秋了有什么好点儿的驱寒音乐？

  神回复：第八套广播体操……

14总交不到女朋友难道是我要求太高了？

  神回复：别傻了，是别人的要求太高了。

15山寨 用英语怎么说？

  神回复：Made in China

16学生时代最糟心的感觉是什么？

  神回复：熟读课文，并背诵全文。

17男人最讨厌女人穿什么？

  神回复：衣服呀~

18有时候总感觉自己老了怎么办？

  神回复：马上去死呀，然后所有人都会说你 年纪轻轻就没了 。

19为啥每次洗完澡都感觉自己变漂亮了？

  神回复：那是因为脑子进水了呗！

20如何优雅地解释自己单身？

  神回复：以前喜欢一个人，现在喜欢一个人。

21当别人说 你好娘 的时候，我该怎么反击？

  神回复：你好，儿子。

22国庆打算和女票一起旅游，应该注意什么？

  神回复：算好经期。

23为什么刚进大学的新生都急于脱单？

  神回复：因为他们天真的认为自己没有女朋友，仅仅是因为高中禁止早恋。

24 我不想和傻逼吵架。

  神回复：可是我想啊。已经这样震住了很多场面了。

25人就没有愚蠢的权利吗？

  神回复：有啊，但是愚蠢的代价最好也要自己埋单。

26以前，导师经常因为我们玩手机，对我们发火。

  导师： 为啥你们年轻人总爱玩手机啊，你看我们这一辈就不怎么玩。

  我： 因为你们爱的人已经在身边了。

  然后导师再也没说过我们！

27现在很多人爱说： 你开心就好 。

尤其是男的说这个话，真的气死人了！

你是有多高贵冷淡大胸怀？显得我好low！

可是，不能输啊，跟着我怼回去！

大声告诉他： 不行，我一定要你也开心！

28你知道吗？总有一天，你终将会变成你讨厌的人。

  神回复：谢谢吉言，我讨厌有钱人。

29打群架的时候为什么都喜欢脱上衣？

  神回复：如果都脱裤子的话，气氛有点怪。

30为什么友谊的小船说翻就翻？       

  神回复：要不然怎么坠入爱河。

31过期三天的牛奶能喝吗？

  神回复：离生产日期还有三天的我都喝过了。

32为什么有人说‘女人永远是对的’？

按照达尔文的进化论解释：

一种人认为女生永远是对的。

另一种人不这么认为。

后来没有女生嫁给第二种人，于是他们灭绝了。

33独自室外晨跑，如何看起来不傻？

  神回复：你真是多虑了，一般觉得你傻的人不会起这么早！

34为什么找对象这么难？

  神回复：没有一见钟情的资本，又缺少日久生情的条件。

35寂寞和孤独的区别是啥？

  神回复：寂寞是别人不想搭理你，孤独是你不想搭理别人。你说区别大不大？

36当别人说‘土豪我们做朋友吧’时该怎么回答？

  神回复：我这钱都是放弃治疗省下来的！

37最能燃起你学习激情的一句话是什么？

  神回复：不能把这个世界，让给你所鄙视的人！

38为什么一男一女收入相仿，女孩的日子看起来更有品质感？

  神回复：因为男生赚的是面包钱，女生赚的是零花钱。

39哪些行为特别容易得罪人，自己又不容易察觉？

  神回复：太把别人当自己人。

40某天某人在路上边走边打篮球，路遇一目测19m的大高个男生，遂问道： 哥们，会打篮球吗？

男生说： 不会啊。

某人得意笑： 长这么高都不会打篮球啊？

高个男生俯视着他轻蔑一笑： 那你会卖烧饼吗？

41是不是一个人越成熟就越难爱上一个人？

  神回复：是越成熟越能分辨那是不是爱。

42男朋友长得非常帅是一种怎样的体验？

  神回复：分手的时候比较纠结

43练肌肉有什么用？除了形体上的好处之外

  神回复：为了不用和脑残讲道理

44男人能轻易看穿女人的那些谎言和行为？

  神回复：你（N）忙（M）吧（B）

45有哪些人类已经发现却又无法解释的现象？

  神回复：女朋友为什么会生气

46史上最奇葩的广告语是哪句？

  神回复：垃圾分类，从我做起

47你听过的最恐怖的歌词是什么？

  神回复：每一个单身狗都得砍头，想爱就别怕伤痛

48你会给自己写什么墓志铭？

  神回复：没什么事我就先挂了

49女朋友胸小如何安慰她？

  神回复：是安慰她还是安慰你

50如何提高女朋友的智商？

  神回复：她不喜欢你的时候，智商自然就高起来了

51如何优雅的表达愤怒？

  神回复：用中指推眼镜

52如果现在是北京时间早上八点整，

  我飞往巴黎，到达巴黎当地时间是早上八点整，

  请问我的生命相对延长了吗？

  神回复：你把表的电池抠了，你是不是就不死了

53你小时候父母为了让你能够努力学习，都用过什么丧尽天良的方法？

  神回复：给了我这张脸

54如何应对“披萨不就是个大饼铺点肉”“寿司不就是放块鱼在米饭上”这种言论

  神回复：你不就是个精子加卵子

55人为什么活着呢？

  神回复：来都来了

56热恋是一种怎样的体验？

  神回复：两个长得像猪一样的人还怕对方被抢走

57有没有一本书提到它就觉得它改变了你，甚至影响了你的人生观，让你感动不已？

  神回复：五年高考 三年模拟

58为什么日本人吃饭前都会喊一句我开动了

  神回复：让饭有心里准备

59为什么中央电视台做直播总是要先喊两声“中央电视台，中央电视台”？

  神回复：体型观众换台

60二郎神流眼泪的时候，要用哪只手拂去天眼的眼泪？

  神回复：二郎腿

61老板开公司就是为了利益吗？

  神回复：难不成为了江山社稷

62中年女人骗小正太的具体流程是什么？

  神回复：压岁钱给我，妈给你存着

什么星座思路新奇，总能转换思维，另辟蹊径，是高智商玩家？

不害怕自身和别人不一样，反倒就喜欢走不同寻常的路。要想凭借自己的脑洞来调节生活，也帮枯燥乏味的生活遮盖上一层梦幻般的气场。

生活在当今这一千变万化的时期中，墨守陈规，一成不变地走一条固定不动路线得话，其实就是无法找到哪些发展方向。仅有与时俱进，不断另辟蹊径才能让你处在不败之地。那这种构思新颖的智商高游戏玩家是哪几个星座呢？

双子座：喜欢追求完美新奇的事物

双子座最喜欢所追求的便是新奇的事物，一成不变的，循规蹈矩的生活只能让他们觉得厌倦。

往大了说，她们是想凭借自己的努力，给这世界产生一点不一样的东西，即使是一些小小更改也可以的。

往小说，其实能够满足自身的探索欲望。虽然有时她们这副与众不同的模样也挺非常容易被人误解的，可是他们不在意。

自身又不是为了别人而活着，何苦在意别人想法呢？坚持自我，才能取得最后的机会，她们但是智商高游戏玩家。

狮子座：对自身的想法很坚持不懈

狮子座平日里是一副“唯吾独尊”的样子，他们只是认同的自已的判断力，其实也就坚守自己的分辨。

就算这时候周围的人都感觉这样的方法难以实现，这条道路走不通，狮子座也不在乎。她们想要的又不是别人来赞成自已的想法，想要的仅仅获得最终这个结论时。

让人不得不佩服自己，也向每个人证实，自已的想法就正确。另辟蹊径其实就是需要勇气的，有时候需要的甚至和每个人作对的气魄，因而有时候为了坚守自己的想法，付出代价或是很大的。

射手座：与众不同

射手座也是一个不喜欢走寻常路得人，虽然大家知道走旁人一路走来，会畅顺许多，平整跟很多。

路上的荆棘基本都被人斩平了，我也吃不了哪些亏。但是他们偏要并不是墨守陈规的人，一直喜欢另辟蹊径，越发没有人试过的东西，她们越发想去挑战一下。

喜欢在一些冷门的，别人不擅长领域中深入研究和挖掘。任何时候都要下意识地按照自己一套行事风格好去处事，而最终也可以解决他人都解决不了难题。

水瓶座：不按常理出牌

水瓶座一向就是一个不按常理出牌的星座，他的脑子里始终拥有千姿百态，使人捉摸不定的想法。

但他们的特点就是喜欢去自主创新，喜欢探索和发现还没有结果的事情。这大概就是她们这一有智慧，有智慧的风象星座最大的优点之一了。

喜欢的东西，所追求的东西一直独一无二的，从来不愿拷贝他人。因而当遇到问题时，她们也可以摆脱常规逻辑思维。

明白转换思维，寻找新的一条路一直走下去。但他们这种试着，往往能以成功结论结束。

双鱼座：用想法更改生活

双鱼座世界一向较为唯美，她们这一星座的人大多数较为喜欢思索，也喜欢想象，只不过是大部分时候，他的想法在外人看来看上去全是不太比较靠谱的。

但双鱼们并不在意。这个星座最大的一个本领无非就是把一切复杂问题简单，好比在遇到一个难题的情况下，明明知道一条路走不了了，他就会另辟蹊径，寻找更加简单换句话说更加适当的方法。

双鱼座几乎就不会自身和别人不一样，反倒便是喜欢走不同寻常的路。要想凭借自己的脑洞来调节生活，也帮枯燥乏味的生活遮盖上一层梦幻般的气场。

以上就是关于思路清奇SCI:03.下游通路竟然可以这样找！！全部的内容，包括:思路清奇SCI:03.下游通路竟然可以这样找！！、17-思路清奇：纯生信分析表观基因组学和形态学ITH的比较空间分析、那些思路清奇的神回复等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！