乌兹别克斯坦和吉尔吉斯斯坦有着非常密切的联系。两国都属于中亚，都是苏联的加盟共和国。
苏联早期宪法规定，苏联各加盟共和国可以独立行使国家权力。但各加盟共和国的主权地位并没有真正实现，所以实际上是当时苏联的两个行政区。当时由于苏联计划经济的影响，两者交往频繁。
1924年，一个重要的事件对他们的关系产生了深远的影响，那就是划分边界。在划分边界之前，两者的区别主要在生活方式上。乌兹别克人主要定居在费尔干纳山谷和其他绿洲，吉尔吉斯人则在山区以游牧为生。他们更多的是对自己部落的认同，但民族观念淡薄。随着边界的划定，双方的国家意识开始加强。同时，边界划分也造成了边界纠纷和“飞地”。
原因是当时没有精心准备边界，使得双方的边界与传统的居住区不一致，留下了一些有争议的区域。在苏联时代，他们只是两个行政区，所以有争议的边界不是大问题。因为苏联是把中亚作为一个整体来设计的，所以很多基建项目都没有考虑到边界问题。比如吉尔吉斯斯坦的火车需要经过乌兹别克斯坦。当然，当时双方关系密切。例如，每天都有公共汽车载着吉尔吉斯斯坦人去乌兹别克斯坦的工厂工作。
但这为双方未来的边界问题埋下了伏笔。两国独立后，1991年至1999年，双方关系发展顺利；在1998年底之前，两国绝大多数人都不认为对方国家是“外国”。由于吉尔吉斯斯坦拖欠乌兹别克斯坦的天然气账单，乌兹别克斯坦最终关闭了边境以保护其经济。三天后，塔什干发生爆炸，造成16人死亡，乌方开始在边境部署武装人员并设立边防哨所。1999年8月，双方爆发冲突，最终导致边境两边的人交流越来越少，中亚开始四分五裂。
2000年至2010年，虽然两国克服了边境危机对两国关系的影响，但两国整体上渐行渐远。由于边界问题、水资源问题、跨境民族问题，以及两国不同的发展模式，以及美俄在中亚的博弈，两国关系日趋紧张。
从2010年到现在。吉南部两个民族之间的冲突加剧了吉国内的民族对立，刺激了两国的民族主义情绪。吉尔吉斯斯坦边境的流血事件也呈增加趋势；大国关系的变化也给吉乌关系的发展增添了新的变数。
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