京九高铁由京霸城际（北京-霸州）、霸商高铁（霸州-商丘）、商杭高铁（商丘-阜阳）、阜九客专（阜阳-九江）、昌九客专（九江-南昌）、昌吉赣客专（南昌-赣州）、赣深客专（赣州-深圳）以及广深港高铁（广州-香港）等新建线路和既有线路接驳而成，途经北京、廊坊、衡水、聊城、济宁、菏泽、商丘、亳州、阜阳、信阳、黄冈、九江、南昌、吉安、赣州、河源、惠州、东莞、深圳、九龙（香港）等地。
线路走向
根据2015年10月7日铁三院公布的环评数据整个京九高铁走向基本确定，线路时速为350公里每小时。京九高铁从北京引出，经北京新机场、河北霸州、衡水进入山东，在河南濮阳台前县跨黄河后，再经山东菏泽、河南商丘至在建商杭高铁商丘站，经商杭高铁北段（商丘至阜阳段）进入安徽亳州，经阜阳、潢川进入麻城、黄冈、武穴到达江西九江，经南昌、吉安、赣州进入广东河源，再经惠州、东莞塘厦到达深圳北站，最终连接香港。
高铁规划
京冀规划
京九高铁京衡段
京九客运专线的提出，是京津冀城际铁路规划修编的信号。此前在2005年国家启动了一个环渤海京津冀城际铁路规划，当时只有京津、京沈、京张等少数铁路。
随着京九客运专线、涿州-北京新机场-廊坊城际铁路、北京-石家庄城际铁路等概念提出，这似乎意味着首都经济圈正式扩围已经开始。但是更多的城市，包括像呼和浩特、赤峰等也希望加入进来。
京津冀城际轨道规划修编
北京市与河北省签署的《2013至2015年合作框架协议》中提到，北京和河北在3年内要尽快完成京张铁路、京沈客运专线可研批复等相关工作，在重大基础设施共建共享等领域加强合作。
而涿州-北京新机场-廊坊城际铁路、京九客运专线，则完全是新线路。其中京九客运专线则从北京往南开往衡水[2] 。涿州-北京新机场-廊坊城际铁路和北京河北规划的大外环高速，即社会各界称的北京七环基本平行。
根据《北京交通发展纲要(2014-2030年)》，北京将着力打造京津冀“一环六放射二航五港”的交通一体化体系。在航空与铁路联运的规划方面，天津机场和京津城际将实现互联，石家庄机场和京石高速实现互联。今后还将建设两条客专——京九和廊涿，以联通北京新机场。[3] 京霸城际铁路将于年底开建，为京九客运专线的一部分。
山东规划
临菏客运专线即京九高铁山东段。新建客运列车专线线路走向大致和京九铁路并行，线路走向为临清-聊城-阳谷-梁山（济宁）-郓城-菏泽-曹县。
京九高速铁路山东境内全长约270公里，双线无砟客运专线，设计行车时速350公里，估算投资420.5亿元。
2014年4月28日，国家发改委正式批复了《环渤海地区山东省城际轨道交通网规划(调整)》（以下简称《规划》）。这标志着我省拉开了新一轮“三纵三横”高速客运路网建设的序幕。
根据国家发改委批复的《规划》，“三纵”高速铁路通道，实现省内贯通并连接北京、上海方向。即京沪通道（德州—济南—泰安—曲阜——枣庄）。东部沿海通道（威海—烟台—青岛—日照）。京九沿线通道（临清—聊城—菏泽）。
2016年5月24至26日，铁路总公司对京九客专北段（霸州-商丘）项目勘察设计进行了评标。本次评标评选的中标设计单位为铁道第三勘察设计院，线路为沿既有京九铁路方案。
河南规划
2015年6月10日，国家发改委以【[发改基建]948号】文批复商丘至合肥至杭州铁路可研报告。批复明确指出下阶段要结合京九铁路通道规划、沿线地区城镇化发展情况，进一步优化工程建设方案。切实落实环境保护、化解社会稳定风险等措施。认真研究运营补贴和土地综合开发等方案，确保项目财务可持续。2015年11月30日，商杭高铁全段正式开工建设，其中京九高铁商丘至阜阳段将利用商杭高铁工程。
霸商高铁（霸州-商丘）又名霸商高速铁路、霸商客运专线，是国家十三五期间规划建设的京九高铁北段的组成部分，是列入《国家中长期铁路网规划》的高等级铁路，经过河北、山东、河南三个省份，北起河北省霸州市霸州站，经衡水、聊城、济宁、菏泽，至河南省商丘市商丘站，接商杭高铁，是连接京津冀城市群、山东半岛城市群、中原城市群的重要高速铁路干线。
京九客运专线(阜阳至九江段)即阜九客运专线，信阳段主要站点是潢川站。到2020年，完成潢川火车站高站台改造、增建旅客出站地道、改扩建站房、扩建改造货场等升级改造项目。京九铁路通道的重要环节，是大别山地区连接环渤海、珠三角等沿线地区重要的快速铁路，是实施大别山片区交通一体化建设、完善河南境内铁路网的重大项目，对加快大别山革命老区脱贫和现代化建设步伐意义十分重大。
国家发改委以发改办基础[2016]97号文函复河南省人民政府，同意将阜阳经潢川至九江铁路按高速铁路纳入中长期铁路网规划修编方案，并表示积极支持中国铁路总公司会同相关地方在“十三五”时期推进项目前期工作，条件具备后适时开工建设。
2014年5月，信阳市与黄冈市就联合提出沿京九铁路既有线路规划建设阜阳至九江段客运专线（从安徽阜阳经淮滨、潢川、光山、新县、麻城、黄冈至江西九江），线路全长460公里，其中信阳市境内约130公里。为使项目纳入国家规划，市委书记郭瑞民、市长乔新江等市领导多次听取汇报，安排推进工作。2015年10月，郭瑞民书记率领常务副市长冯鸣、副市长孔凡国专程与黄冈市主要领导专程赴北京向国家发改委、中铁总公司、国家铁路局汇报，表达老区人民的愿望和诉求；2014年10月，冯市长赴黄冈与黄冈市领导和铁路专家研究项目推进工作；孔市长数次向交通运输部等部委领导汇报老区建设高铁和综合交通体系的规划思路。两年间，两市发改委负责同志积极对接，商讨项目推进策略和路径，建立了卓有成效的联合推进工作机制，共同委托中铁第四勘察设计院编制了《新建京九客运专线阜阳至九江段规划研究报告》，向本省政府和省发改委报告，同时向国家发改委、交通运输部等部门汇报，逐级上报国务院请求批复。下一步，我们将继续推进项目前期工作，力争早日开工建设。
安徽规划
商合杭高铁与合安九高铁都是按照350公里/小时的速度设计。根据京霸铁路、昌吉赣客专的环评公示，时速设计也确定为每小时350公里。作为国家干线，京九高铁将采用时速350公里的设计。
据了解，合安九高铁建成通车后，合肥至安庆40分钟，合肥至九江仅需1小时，再与南端的昌九客运专线、昌吉赣客运专线、赣深客运专线接驳，合肥到南昌将缩短至2小时，合肥到深圳也只需6小时左右。
湖北规划
根据国家中长期铁路规划，京九高铁在我省将分为两段，分别是阜阳-合肥-九江以及阜阳-黄冈-九江。记者日前从铁路部门获悉，西段即阜阳至黄冈至九江段相关规划已经获得批复，最快将于年底开建。
根据国家规划，京九高铁在我省的东段将借道商合杭与合安九客运专线。目前，这两条线已经全面开工，预计将于2020年实现贯通、衔接，所经过的城市已经十分清晰。而西段目前也有实质性进展，线路将从阜阳经河南淮滨、潢川、光山、新县，进入湖北麻城、黄冈至江西九江，线路全长460公里，这条线在安徽境内较短，只经过阜阳市和阜南县，但对于皖北交通枢纽阜阳市意义重大。
江西规划
昌九客运专线已被列入江西省的“十三五”规划，设计时速为每小时350KM，南昌至九江客运专线，未来与北京至九江客运专线、昌吉赣客运专线及赣州至深圳客运专线一道，形成京九快速客运通道，承担区域中长途快速客运功能，线路长约130km，均位于江西境内。
而昌吉赣客运专线现正在建设当中。昌吉赣客运专线北起南昌，南至深圳，线路全长约880公里，其中赣州市境内约260公里。线路分为昌吉赣客专和赣深客专两段，其中，昌吉赣客专已列入全国铁路“十二五”发展规划。2013年8月，国家发改委通过了昌吉赣客专的立项批复，项目拟按国铁Ⅰ级、双线、电气化标准建设，速度标准350km/h。项目建成通车后，可提升赣州的区位优势，缩短赣州至南昌、广州、深圳等城市的时空距离，使赣州市至厦门、深圳、广州、南昌等地均可进入两小时经济圈。
合安九客运专线2016年开工建设
合安九客运专线在中国铁路总公司的关心下，在江西、安徽、湖北三省的共同争取下，前期各项工作正在快速推进。今年（2015年）6月中旬，中国铁路总公司组织专家在北京对新建安庆至九江客专可行性研究报告进行了评审。按照高速干线铁路顺直、乘客方便，利于城市发展和土地利用的原则，确定技术标准为客运双线、设计时速350公里/小时，确定线路方案从安徽省宿松县至湖北省黄梅县跨长江引入江西省九江县庐山站，届时庐山站将同步扩建。
南昌至赣州客专得到国家铁路局认可
根据中长期铁路网规划,通过建设京沈、商合杭、京张、南昌至赣州等客运专线，建成以京沪、京广、京哈、沿海、陇海、太青、沪昆、沪汉蓉为主骨架的“四纵四横”高速铁路网,同时配套建成贵广、合福等高铁延伸线,形成触角丰富、路网通达、运力强大的中国高速铁路网络。
广东规划
河源市铁路网规划
《河源市铁路网规划》规划到2030年河源市形成一个主轴（赣深高速为主轴）、二个中心（高望客运中心、龙川货运中心）、六方联动（赣州、龙岩、汕尾、深圳、广州、韶关）、县县通铁路的铁路网络。河源市铁路网布局方案设计分两个部分进行，第一部分为新建铁路，第二部分为改造铁路。
2013年12月14日，中铁第四勘察设计院集团有限公司专家组到龙川就赣深高铁项目建设来到龙川调研踏勘，就赣深高铁龙川段技术标准、线路走向和站点设置与站场选址进行勘测，据铁四院专家调研后透露，赣深高铁将经过龙川并设龙川高铁站点。赣深高铁将列入十二五规划调整立项。
这条线路方案走向是：线路自和平县城折向东南，沿京九通道折向龙川县城西侧，尔后线路沿京九通道折向西南，经柳城、蓝口、黄田、义和、仙塘至河源市区东侧，线路全长约114公里；沿线共设和平西站、龙川西站、蓝口西站、河源东站4个车站，其中除蓝口西站为越行站不办理客运业务外，其他3个站点均办理客运业务。其中，和平西站设置规模为2台4线，龙川西站为4台10线，河源东站采用岛式站台站型布置2台6线规模。
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京九其实目前也算是在修建，只不过是分段修建的。
近期线路由京沪高铁京蚌段（北京-济南-蚌埠 已建成）、合蚌高铁（蚌埠-合肥 已建成）、合九客运专线（合肥-安庆-九江 ），昌九城际铁路（九江-南昌 已建成）、昌吉赣客运专线（南昌-吉安-赣州）和赣深客运专线（赣州-惠州-深圳）和广深港客运专线（深圳-九龙）接容而成。
远期线路
远期线路由北京至商丘高铁（北京南-衡水东-菏泽东-商丘东站）、商合杭高铁（商丘-阜阳-合肥）、合九客运专线（合肥-安庆-九江），昌九城际铁路（九江-南昌 已建成）、昌吉赣城际铁路（南昌-吉安-赣州）和赣深客运专线（赣州-惠州-深圳）和广深港客运专线（深圳-九龙）接驳而成。
