影响dna双螺旋结构稳定性的主要因素有：碱基堆积力、氢键、离子键、范德华力。
dna双螺旋结构在生理条件下是很稳定的。维持这种稳定性的主要因素包括两条dna链之间碱基配对形成的氢键和碱基堆积力。另外，存在于dna分子中的一些弱键在维持双螺旋结构的稳定性上也起一定的作用，即磷酸基团上的负电荷与介质中的阳离子间形成的离子键及范德华力。改变介质条件和环境温度，也将影响双螺旋的稳定性。
稳定结构是指原子最外层电子数达到8（氢是达到2）如钠原子最外层电子是1,当它失去一个电子以后最外层就达到8个,所以钠离子比钠原子稳定；又如氯原子最外层电子数是7,当它得到一个电子就变成了8个,所以氯离子比氯原子稳定不知你明白没
显然体现在组成其分子的原子中因为分子间原子在化学键作用下，相对的势不会有太大的改变，甚至可以忽略变化，即相对势能一定。，而原子能量又体现在哪？核与电子之间的势能？显然不是因为这样会使原子的结构不稳定，然后辐射光量子带走其多余能量。所以就体现在原子的动能分子中原子会无规则震动，这就是为什么因为分子间原子在化学键作用下，相对的势还会有微小的变化，当分子的能量较大时，其组分原子的动能就大，震动就越激烈；那么分子的组分原子就可能借助这震动也可说成能量使化学键断裂，自身游离出去形成能量震动程度较低的新化合物或单质。这就很形象说明了为什么能量越低，结构的稳定性越强。这里忽略分子间的势能，因为实在很小，而分子动能越大分子间碰撞就越激烈，化学键就越容易断裂，这与组分原子的动能有异曲同工之妙。显然的如果体系能量越低，体系每个分子、组分原子分得能量就越少，那么分子、组分原子动能就越低，化学键就不容易断裂，那么结构的稳定性越强。所以结构的稳定性越强，体系的能量越低。
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