2016年3月5日，中国公布“十三五”规划纲要草案，其中在加快完善高铁网部分提出要建设北京至台北的高铁路线，此路线规划引起岛内民众的关注。针对大陆的构想，台湾“交通部”回应称，应先由陆委会和对岸沟通，再由双方做可行性研究，“工程面研究都可做，但不一定可行”，且技术难度高、经费恐破万亿，“付款、营运都是问题，没那么容易”。台湾陆委会5日称，跨海高铁除涉及兴建工程技术、营运安全和营运成本等事项外，更涉及“国安”、民意反应及两岸互动等复杂问题，并非大陆一说即可规划。《联合报》提到，一些网友猜测，此规划藏有“大陆要加速两岸统一的暗示”。
陆委会发言人杨家骏回应称，两岸在研讨活动中确曾触及海底隧道、桥梁的讨论，但仅止于经验和专业知识的分享，台湾政府目前并未将京台高铁列入考虑。
台湾海基会顾问李孟洲称，大陆不断在各地兴建跨海大桥，像是著名的横跨宁波与上海的“杭州湾跨海大桥”，其实就是为了演练横跨台湾海峡的建造技术，因此大陆此次提出“京台高铁”规划，技术及经验上不成问题。不过他同时提到，台湾即将政党轮替，政治阻碍性高，高铁建成的可能性非常低，这牵涉两岸之间的政治互信，美方也不见得会同意。李孟洲建议，如果要实现“京台高铁”，可先以金厦大桥作为试金石。
针对种种关注，大陆海协会会长陈德铭表示，大陆技术、资金都没问题，但两岸存在“政治意愿问题”，需要“等一等，看一看再讨论”。至于部分 舆论认为“京台高铁”展现大陆统一台湾的企图心，陈德铭说，“这叫企图心吗？本来就是一家人啊”。他表示，如果未来有机会可搭高铁到台北，他非常愿意。
台湾“交通部”表示，应先由陆委会和对岸沟通，再由双方做可行性研究，“工程面研究都可做，但不一定可行。”且技术难度高、经费恐破兆，“付款、营运都是问题，没那么容易。”“交通部”表示，金门建议盖“金厦跨海大桥”都没个谱，跨越台海更难。
台湾.官方：这只是大陆单方面的想法，台湾无此计画。大陆「现阶段」也只是说说罢了，如果真的对昆台高铁非常积极，那就不会由铁道部对媒体的公开，而应该是让海协会出面，将此构想与台湾陆委会相互沟通。
讲白了，铁道部的说法就是试探成份居多，看看台湾民众、台湾政府有啥反映。因为中国政府很清楚，以两岸目前的情况，中国高铁营运状态，台湾是不可能同意的。既然明知只是试探性的风向球，当然就作冷处理。
