2011年3月，江西省文物部门接到群众举报称，江西省南昌市新建区大塘坪乡官溪村附近一座古墓被盗挖。文物部门立即对该墓周边进行了考古调查。在过去的五年里，考古学家勘探了大约100万平方米，挖掘了大约1万平方米。
侯海印墓的整个发掘过程代表了当今中国一流的考古水平，代表了当今中国一流的文物保护水平，代表了当今中国一流的展览水平。墓园考古发掘有10多个单位跨专业合作，利用科技手段进行全过程信息提取和记录。在考古调查和发掘的前期，运用了地球物理勘探、GPS定位、电子全站仪网络测控、全球地理信息系统(GIS)记录等大量科技手段，将调查数据完全信息化。初步建立了海昏侯国遗址地理信息系统。所有的发掘都以世界遗产的标准为指导，这将为未来大遗址的保护和展示提供科学依据。
考古人员通过考古发现，除了2011年盗墓贼从西汉古墓中盗出的一个大洞外，在古墓的西北角还有一个五代盗洞。从发现的装衣服的漆盒、刻有“昌邑九年”字样的漆器等文物来看，盗墓贼未能盗墓成功。
人们不禁要问，从公元前104年到五代，中间一千多年，为什么没有遭遇盗墓贼的“骚扰”？省文物考古研究所所长徐长卿、西汉侯海印墓考古队领队杨军等多位专家提到，这是由于东晋时期江西发生大地震，导致墓室早年坍塌，地下水淹没墓室。当时人们还不具备水下盗墓的条件，以至于古墓得以幸免。专家所说的大地震，指的是公元318年张羽县的大地震，导致张羽原有的古郡如晓阳郡、海昏侯郡等淹没在鄱阳湖中。张仲礼说，正是因为墓中充满了水，这种无氧的环境不利于微生物的生长，使得墓中的文物得到了保护，腐蚀程度也不高。
2011年3月23日，江西省文物部门接到群众举报称，在南昌市大塘坪乡官溪村老邱村民小组东北约500米处的土堆山上，有一座古墓被盗挖。该事件立即引起了江西省文化厅、江西省文物局和当地政府的重视。江西省文物考古研究所立即派员会同南昌市、新建县文物单位进行实地调查，并及时向国家文物局、江西省文化厅、江西省文物局汇报。从窟内被盗情况和随葬工具来看，该墓规模较大，档次较高，很可能与文献记载的汉代昌邑王刘贺的历史有关。鉴于该墓当时不属于任何一级文物保护单位的特殊性，又由于墓地地处偏僻，盗墓保护难度极大。江西省文物局向国家文物局提交了抢救发掘该墓的申请。2011年4月6日，国家文物局在南昌主持召开了新建县土墩墓保护专家论证会。经研究，国家文物局批准了江西省文物局的申请，要求对墓葬周边地区进行考古调查。
根据国家文物局《关于江西省新建墓考古发掘项目的批复》精神，江西省文物考古研究所制定了《江西省新建墓抢救性考古发掘工作方案》和《江西省新建墓考古发掘现场安全工作方案》，确立了南昌市海昏侯墓考古工作的技术路线。2011年，南昌侯海印墓抢救发掘前，对方圆周边5平方公里范围进行了全面系统的考古调查，重点对南昌侯海印墓及其墓地进行了调查和钻探。2012年和2013年，在建设和落实南昌侯海印墓安全监控设施和安保措施，确保考古发掘过程中工地和文物安全的前提下，先后发掘了1个车马坑和3座墓葬，解剖了2座园门、城门和各种墓地建筑基址，还发现了墓地的排水和道路系统。2014年开始主墓发掘，墓室封土填筑工作完成。2015年开始对棺廊和主棺室进行发掘清理，并对现场出土文物进行提取保护。现在，主棺已经用避孕套盒子提取进实验室，实验室考古工作正在进行中。
