1.不同的形状。
裸子植物:种子裸露，没有外皮。裸子植物有胚珠(不同于蕨类植物)，但心皮不包入子房，胚珠裸露。胚乳(即雌性原叶体)在受精前已经形成(不同于被子植物)。
被子植物:被子植物的种子被果皮包裹。
2.种子胚的数量不同。
被子植物的种子通常只有一个胚，裸子植物的种子大多存在强烈的多胚现象。
3.花不一样。
裸子植物，有孢子体鳞茎但没有真正的花。
被子植物有真花，被子植物的花有孢子球状体，与裸子植物在形态上不同。
