看到亲自出马，彭不敢托大。然而，毛仁凤背靠蒋介石，甚至在国民党中常会上声称: 情报是很专业的东西，不能让外行领导内行。 这些话当然传到了蒋经国的耳朵里。
1950年，蒋介石在台湾省加冕，恢复中华民国总统职位。毛仁凤也重新当上了保密局局长。他以为自己虽然在南京重庆，但总要被别人管着。现在在台湾省，该是他努力的时候了，这样他就能舒舒服服地死在情报系统的最高层。只是计划赶不上变化。就在他沾沾自喜的时候，他没有想到自己会落入蒋经国的手中。
1950年3月，蒋介石任命蒋经国为 国防部总政治部主任 ，同时担任临时 总统府机要室信息处处长 。蒋经国上台后，面对的是台湾省情报系统现有的两股势力:一股是台湾省最大的情报单位 mdash mdash安全，第二个是来自大陆 中通 还有 军事统一 是系统队的保密局。这两股势力的领导者是彭和毛仁凤。
蒋介石和蒋经国都知道，要整合台湾省的情报系统，必须先移走这两块石头。为了尽快让蒋经国上位，蒋介石先是亲自说服了在华中的陈立夫，然后又多次指示蒋经国宣布: 两个特务组织，童军和中通，合并成一个，严格清洗和统一运作。
看到亲自出马，彭不敢托大。然而，毛仁凤背靠蒋介石，甚至在国民党中常会上声称: 情报是很专业的东西，不能让外行领导内行。 这些话当然传到了蒋经国的耳朵里。
但是蒋经国并不急于反击。在他看来，毛仁凤不过是秋后的蚂蚱。但他很快发现，毛仁凤是在故意挖陷阱来败坏自己的名声。
毛仁凤秘密收集了蒋经国的亲信毛邦初在美国受贿贪污的消息，上报蒋介石的办公桌。尽管蒋介石并没有像毛仁凤预料的那样真的调查，但他还是给蒋经国上了一堂扎实的课，这让蒋经国久久抬不起头来。
这件事激起了蒋经国的斗志，他决心给毛仁凤一点颜色看看。这时，毛仁凤的宿敌、国民党情报元老郑介民向蒋经国提供了一个方案:办训练班，招收新生，重新训练保密，抽调两局现有干部；在此基础上，将两局人员混合，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代间谍体系，结束私人割据的局面。这是情报系统的一次根本性改革，也是对石矛的一次改革 独立王国 根本动摇，无小事。
然后，蒋经国仍然面无表情。他拉拢了保密局二处处长叶翔之，并委以重任。就这样，保密局里的所有骨干也相继 跳槽 。在得知蒋经国的行动后，毛仁凤主张由蒋介石 整肃纪律 因此，在寻找到叶翔之受贿的证据后，他准备亲自向蒋介石报告。
叶翔之慌了，跑去找蒋经国。蒋经国安慰道: 放心吧，叶主任。我会和总统谈谈。好吧，来找我，做大陆事务办公室主任。 随即，他亲自赶到蒋介石办公室，说: 高级特工叶翔之因家庭困难收了一点小礼物，毛仁凤不得不严厉处理。我觉得这个人是个有才华的人。他过去在内地完成过很多重要任务，也是初犯。他已经归还了贿赂。能让他通过做好事来赎罪吗？
蒋介石本想培养他的儿子，但现在看到蒋经国亲自求情，他认定叶翔之可以得到重用，于是立即同意了蒋经国的请求。蒋经国手里拿着剑刚走，毛仁凤就把叶翔之的材料送来了。结果蒋介石看了材料后很生气。于是，毛仁凤灰溜溜地离开了。他终于意识到他打不过蒋经国，他有点绝望了。
1954年，蒋介石再次改革情报系统，蒋经国成为全岛5万多特务 总计 。蒋经国掌握的情报系统，严格执行蒋介石 秘密间谍预防 威尔，从1949年5月开始 非常戒严 气氛，更糟糕。
眼看自己辛辛苦苦建立了几十年的特务系统正在消散，毛仁凤毒气攻心，患上肝癌。老蒋认为他是他的 党 当他失败后，他被送往美国接受治疗，但他的病情很快恶化。1957年，毛仁凤在台湾省满怀对人民和共产党的仇恨，带着对失去权力的悔恨，走完了他邪恶的一生。(据《四大特勤档案》)
