由于历史的局限性，农民起义领袖无法分析复杂的社会形势。隋朝灭亡后，他们失去了目标，投降了新王朝，充当了地主阶级改朝换代的工具。农民并没有阻止地主阶级和隋朝残余势力混入起义队伍，他们逐渐影响了起义军向封建军队的转变。瓦岗军首领翟让不承认。...
有利形势下，瓦岗军内乱，因长时间处于洛阳坚城之下，在军事上失去了发展机会。李密怀疑翟让想夺权，谋杀了翟让。后来又重用隋朝下级官员和将领，不爱惜士卒，导致部里逐渐疏远。当宇文化及率领10多万大军北上河南时，隋朝留在太原的唐元在长安称帝，建立了唐朝。隋朝残余势力杨侗也在洛阳称帝(称帝主)。这时，李密没能利用杨冬和宇文化及的矛盾，反而被杨冬利用了。当杨东派人去请李密时，李密接受了杨东的官印以避免两面受敌，并调集精兵攻打宇文化及军。后来，瓦岗军和宇文化及军在通山(今河南浚县西南)作战。在这场战斗中，瓦岗军虽然取得了胜利，但是实力却被大大削弱。窃得洛阳军政大权的王乘机进攻，瓦岗军在不利的情况下与之决战，被偃师(今河南)所败。李密带领剩下的人向唐源投降。不久，他离开唐朝再次尝试，被唐朝将军盛延时所杀。
瓦岗军战败后，农民战争仍在继续。唐武德二年春(公元619年)，窦建德攻破聊城(今山东聊城东北)，活捉并杀了宇文化及，随后又攻占了许多州县。然而，他派使者到洛阳朝见皇帝杨东。后来，唐朝的秦王李世民率军攻打洛阳的王，秦王向窦建德求助。由于担心唐都破坏皇后会危及自己，他率领10多万军队前去救援，但被李世民的军队击败。此时全国大部归唐军所有，隋末以来的农民起义战争基本结束。
隋末，农民起义军浴血奋战八年，导致隋朝全面崩溃。三大起义军消灭了的三大主力，即张、薛世雄和，促成了江都皇帝被杀和唐元攻占长安。隋朝末年，三支军队在河北、中原、江淮三个战场作战，却没有联合成一支强大的队伍。虽然客观上相互支持，但难以形成强大的力量，容易被地主阶级所打破。由于历史的局限性，农民起义领袖无法分析复杂的社会形势。隋朝灭亡后，他们失去了目标，投降了新王朝，充当了地主阶级改朝换代的工具。农民并没有阻止地主阶级和隋朝残余势力混入起义队伍，他们逐渐影响了起义军向封建军队的转变。瓦岗军首领翟让没有意识到领导的重要性，交出了手中的权力，导致了起义军的覆灭。英勇奋战14年的隋末农民起义胜利成果，被李渊地主集团夺走。然而，这场农民起义推翻了杨迪的暴政，打击了士绅地主，对初唐的政治和经济产生了重大影响。
