回答楼主的问题:
不知道楼主的身份是高中生择校，本科生考研择校，研究生考研择校，还是博士、博士后毕业选择就业单位。
如果楼主想选南大和复旦，说明楼主的分数已经很高了。这两所学校都是国内一流的985重点大学，都是名牌大学。这时候决策就看楼主考虑的是专业还是地域了。如果楼主报的专业两个学校都有，那就看该专业在两个院校的排名和就业情况，看是不是重点学科。因为每个学校都有自己的双一流学科和一些重点学科。如果考虑地域的话，就看楼主喜欢南京还是上海了。
本科生考研选学校。如果是这样的话，首先看两个报考专业的院校实力如何，谁在前面。其次看招生人数，招生比例，复试比例，往届师兄师姐的考试反馈。再者，看两所院校本专业导师的情况。综合考虑以上三点，再做选择。
考研要看两个机构的专业方向哪个更适合楼主。看重点导师的学术水平，博士培养的相关文件，毕业需要发多少文章，是否有与国外联合培养的政策等。一般各大学对博士生的考试时间都是自己定的，所以两个学校都可以考。哪个进了，去哪个。记住，博士生导师的专业水平不能太差。这时候就要重点去打听他的人品了。
毕业后找工作。这基本上考虑了两点。第一，你的待遇怎么样？家庭开支、研究启动基金、项目支持、过渡性住房、配偶工作。二、职位未来发展前景如何。多久可以晋升职称，担任导师，学校对本专业的支持等。复旦、南大都是名牌大学，但可能各有不同的配套学科。待遇差不多的话，要看哪个学校这个专业发展前景好，可以去哪个。如果只考虑待遇问题，那就简单了。谁给的待遇好，谁就去。
祝楼主一切顺利！
