广州水上巴士航线共有14条航线，是广州市继公共汽车、出租车、地铁后的第4套公交系统。根据航线不同、码头不同，每条航线的时间有所不同，其中s12线和s14线为定制发班，与其它航线不同。
S1线路航线时间：金沙洲码头：07:00-18:00
黄沙码头：07:30-18:30
S2线路航线时间：工作日07:00 08:00 17:00 18:00
S4线路航线时间：西堤码头06:45-20:22
鳌洲码头06:52-20:30
S5线路航线时间：第一段07:15-19:45
第二段05:45-22:00
S6线路航线时间：06:00-22:00
S7线路航线时间：天字码头06:45-19:00
纺织码头06:38-18:52
S8线路航线时间：省总码头07:00-18:30
堑口码头07:08-18:38
S9线路航线时间：白蚬壳码头07:00-18:30
白鹤洞码头07:10-18:40
S10线路航线时间：鱼珠码头05:45-23:50
长洲码头05:45-24:00
S12线路航线时间：定制发班
S13航线时间：07:05-18:25
S14线路航线时间：定制发班
最晚一班航线是24点。S5线路
途径站点:
第一段鱼珠-军校-新洲-深井
第二段新洲-深井(原有不变)
航线时间:
第一段07:15-19:45
第二段05:45-22:00
班次间隔:
鱼珠-深井80分钟
新洲-深井30分钟
S10线路
途径站点:
鱼珠-长洲
航线时间:
05:45-23:50(鱼珠)
05:45-24:00(长洲)
班次间隔:
高峰时段10分钟
(07:00-09:00/17:00-19:00)
夜班船(22:00以后)30分钟
其他时段15分钟
新洲-深井30分钟
S12线路
途径站点:
长洲-鱼珠-海心沙
航线时间:
07:00/07:30/08:00由长洲往海心沙
17:30/18:00/18:30由海心沙往长洲
班次间隔:
30分钟
鱼珠码头，建于1983年，于2004年改造。水上巴士航线
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S5线路
途径站点：
第一段鱼珠-军校-新洲-深井
第二段新洲-深井(原有不变)
航线时间：
第一段07:15-19:45
第二段05:45-22:00
班次间隔：
鱼珠-深井80分钟
新洲-深井30分钟
S10线路
途径站点：
鱼珠-长洲
航线时间：
05:45-23:50(鱼珠)
05:45-24:00(长洲)
班次间隔：
高峰时段10分钟
(07:00-09:00/17:00-19:00)
夜班船(22:00以后)30分钟
其他时段15分钟
新洲-深井30分钟
S12线路
途径站点：
长洲-鱼珠-海心沙
航线时间：
07:00/07:30/08:00由长洲往海心沙
17:30/18:00/18:30由海心沙往长洲
班次间隔：
30分钟
