其方法通常为自然选育和人工选育两类，可单独使用，也可交叉进行。 DNA Shuffling技术 编辑 随着PCR技术的发展和应用，1994年美国的stemmer提出了一个全新的人工分子进化技术——DNA Shuffling（又称洗牌技术）
微生物学的研究方法和技术有：显微技术，纯种培养技术，无菌技术，纯种分离纯化技术和微生物保藏技术。
显微技术（microscopy）：显微技术是利用光学系统或电子光学系统设备，观察肉眼所不能分辨的微小物体形态结构及其特性的技术。包括：①各种显微镜的基本原理、操作和应用的技术；②显微镜样品的制备技术；③观察结果的记录、分析和处理的技术。
纯培养：纯培养最重要的是在于微生物的生理研究，方法是依靠灭菌和分离，是由巴斯德（L．Pasteur）和柯赫（R．Koch）建立起来的。在自然界中，有的培养条件很困难，特别是具有密切共生关系的生物及进行寄生性营养的生物；也有一些在理论上不可能进行纯粹培养的生物。纯培养(pure culture)——微生物学中把从一个细胞或一群相同的细胞经过培养繁殖而得到的后代,称纯培养。
无菌技术：无菌技术是在医疗护理操作过程中，保持无菌物品、无菌区域不被污染、防止病原微生物 侵入人体的一系列操作技术。无菌技术（aseptic technique） 是指在执行医疗、护理技术过程中，防止一切微生物侵入机体和保持无菌物品及无菌区域不被污染的操作技术和管理方法。
纯化：纯化是将多糖混合物分离为单一多糖的过程。在进行菌种鉴定时，所用的微生物一般均要求为纯的培养物。得到纯培养的过程称为分离纯化。
我国生态环境的多样性在国际上罕见，因此微生物资源非常丰富。几千年来，我国各族人民有着十分高超的利用微生物的技术，数以百计的传统发酵产品在全世界享有盛誉。建国以来的近半个世纪中，我国的微生物产业体系已经形成，在生物技术业中占有重要的地位，是发展我国生物技术的重要支柱。微生物产业在国民总产值中占有1/100以上的份额，在祖国实现现代化和人民生活实现小康的过程中有着不容忽视的地位。而且，在微生物产业中，现代产业与传统产业的比例正在提高，有的产品的产量和质量雄居国际领先水平，不少产品达到或接近国际先进水平。我国的微生物学工作者已经形成了一支专业齐全、有相当数量和实力的队伍。这是我国应用微生物为人类作贡献的基础。有这样的条件，我们有信心在不久的将来使微生物产业在我国生物技术发展中发挥更重要的作用，为经济繁荣和人民生活的改善作出更大贡献。
综观全局，无论从解决全人类面临的粮食、能源、保健和环境保护等重大生存问题，还是我国经济发展来说微生物的应用和微生物学的研究都具有重要的意义，微生物学将在新世纪中继续处于科学前沿的地位。
