我国开展微生物检验的重点食品种类为：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冻饮品、糖果、饮用天然矿泉水等，其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。
GB 4789.1‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 总则GB 4789.2‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 菌落总数测定
GB 4789.3‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 大肠菌群计数
GB 4789.4‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 沙门氏菌检验
GB 4789.5‐2012 食品安全国家标准食品微生物学检验 志贺氏菌检验
GB 4789.6‐2016 食品卫生微生物学检验 致泻大肠埃希氏菌检验
GB 4789.7‐2013 食品安全国家标准食品微生物学检验验 副溶血性弧菌检验
GB 4789.8‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 小肠结肠炎耶尔森氏菌检验
GB 4789.9‐2014 食品安全国家标准食品微生物学检验 空肠弯曲菌检验
GB 4789.10‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 金黄色葡萄球菌检验
GB 4789.11‐2014 食品安全国家标准食品微生物学检验 溶血性链球菌检验
GB 4789.12‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 肉毒梭菌及肉毒毒素检验
GB 4789.13‐2012 食品安全国家标准食品微生物学检验 产气荚膜梭菌检验
GB 4789.14‐2014 食品安全国家标准食品微生物学检验 蜡样芽胞杆菌检验
GB 4789.15‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 霉菌和酵母计数
GB 4789.16‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 常见产毒霉菌的鉴定
GB/T 4789.17‐2003 食品卫生微生物学检验 肉与肉制品检验
GB 4789.18‐2010 食品安全国家标准食品微生物学检验 乳与乳制品检验
GB/T 4789.19‐2003 食品卫生微生物学检验 蛋与蛋制品检验
GB/T 4789.20‐2003 食品卫生微生物学检验 水产食品检验
GB/T 4789.21‐2003 食品卫生微生物学检验 冷冻饮品、饮料检验
GB/T 4789.22‐2003 食品卫生微生物学检验 调味品检验
GB/T 4789.23‐2003 食品卫生微生物学检验 冷食菜、豆制品检验
GB/T 4789.24‐2003 食品卫生微生物学检验 糖果、糕点、蜜饯检验
GB/T 4789.25‐2003 食品卫生微生物学检验 酒类检验
GB 4789.26‐2013 食品卫生微生物学检验 罐头食品商业无菌的检验
GB/T 4789.27‐2008 食品卫生微生物学检验 鲜乳中抗生素残留检验
GB 4789.28‐2013 食品安全国家标准食品微生物学检验培养基和试剂的质量要求
GB/T 4789.29‐2003 食品卫生微生物学检验椰毒假单胞菌酵米面亚种检验
GB 4789.30‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 单核细胞增生李斯特氏菌检验
GB 4789.31‐2013 食品安全国家标准食品微生物学检验 沙门氏菌、志贺氏菌和致泻大肠埃希氏菌的
肠杆菌科噬体检验方法
GB/T 4789.32‐2002 食品卫生微生物学检验 大肠菌群的快速检测
GB 4789.34‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 双歧杆菌的鉴定
GB 4789.35‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 乳酸菌检验
GB 4789.36‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 大肠埃希氏菌 O157：H7/NM 检验
GB 4789.38‐2012 食品安全国家标准 食品微生物学检验 大肠埃希氏菌计数
GB 4789.39‐2013 食品安全国家标准食品微生物学检验 粪大肠菌群计数
GB 4789.40‐2016 食品安全国家标准食品微生物学检验 克罗诺杆菌属（阪崎肠杆菌）检验
GB 4789.41‐2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 肠杆菌科检验
GB 4789.42‐2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 诺如病毒检验
GB 4789.43‐2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 微生物源酶制剂抗菌活性的测定
