东莞南站到深圳北站高铁站换乘40分钟够的。根据查询相关公开信息显示，深圳北站可以在同站换乘的，最快15分钟能换乘的，深圳北站位于中国广东省深圳市龙华区民治街道，由中国铁路广州局集团有限公司管辖，是深圳铁路“四主四辅”客运格局的核心车站。
公交线路：5号线，全程约11.5公里
1、从深圳东站步行约190米,到达布吉站
2、乘坐5号线,经过8站, 到达深圳北站
驾车路线：全程约15.6公里
起点：深圳东站
1.从起点向正北方向出发，沿吉华路行驶2.9公里，朝龙华/三联路/布龙路西方向，左前方转弯
2.行驶250米，右前方转弯进入布龙路
3.沿布龙路行驶1.5公里，朝宝安/南山/南坪快速方向，稍向左转进入龙景立交
4.沿龙景立交行驶300米，直行进入龙景立交
5.沿龙景立交行驶190米，直行进入南坪快速
6.沿南坪快速行驶8.1公里，在深圳北站/玉龙路出口，稍向右转进入玉龙立交
7.沿玉龙立交行驶390米，直行进入玉龙路
8.沿玉龙路行驶1.3公里，朝深圳北站/致远中路/北站西广场方向，稍向右转进入玉龙路辅路
9.沿玉龙路辅路行驶300米，左转进入致远中路
10.沿致远中路行驶110米，右转
11.行驶180米，到达终点(在道路右侧)
终点：深圳北站
